| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 4,501,975 | T→C | pseudogene (714/1181 nt) | CXP41_RS23290 ← | phosphoethanolamine transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 4,501,975 | 0 | T | C | 99.8% | 2000.5 / NA | 572 | pseudogene (714/1181 nt) | CXP41_RS23290 | phosphoethanolamine transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (302/269); minor base A (1/0); total (303/269) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 589 total aligned reads displayed.
AAATGACGTGAGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGTTAGGAGTTAAGGCTGTTACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGGAAGCGAAGCTGCCTTTCTTGAGG > NZ_CP025268/4501839‑4502111 | acaTGTCGTGAGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTcaca < 2:6330871/138‑1 (MQ=255)aaaTGACGTGAGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCTATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTcaca < 2:7705066/140‑1 (MQ=255) aaTGACGTGAGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAGAAAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTcaca < 1:3753970/140‑1 (MQ=255) aaTGACGTGAGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCacac < 2:2608311/140‑1 (MQ=255) aaTGACGTGAGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCacac < 2:2278198/140‑1 (MQ=255) aaTGACGTGAGGACCGGCGAAGGAGACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTGTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATGTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGCGTTAAGGCTGTCacac < 2:5289067/140‑1 (MQ=255) cGTGAGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGAtt < 1:9623334/140‑1 (MQ=255) gTGAGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGAttt > 2:3644386/1‑140 (MQ=255) aGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGa > 1:3264563/1‑140 (MQ=255) gTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCACG‑AACGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGGAATTATTCGGCTAGGAGATAAGGCTGTCACACGGATTTGGAt < 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ccGGCGAAGGATACGATCAAGCGGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAATGCTGTCACTCGGATTTGGATgag < 2:416596/140‑1 (MQ=255) ccGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATgag < 1:7091102/140‑1 (MQ=255) gCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAAc > 1:4800085/1‑140 (MQ=255) gCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAAc < 2:4941580/140‑1 (MQ=255) gCGAAGGAGACCATCAAGCTGGCCACG‑AAAGTGATCCAGTTTACTGATGCGGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAAc < 2:10212978/140‑1 (MQ=255) aaGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCca > 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aGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCa < 2:320204/136‑1 (MQ=255) aGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGaa > 1:6514378/1‑140 (MQ=255) aGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGaa > 1:5318953/1‑140 (MQ=255) aGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGaa > 1:3391134/1‑140 (MQ=255) cTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGaaaa > 1:9417479/1‑140 (MQ=255) gCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATTCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTa > 1:4923381/1‑140 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aTCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAgg < 1:5672908/140‑1 (MQ=255) gTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTa > 1:238859/1‑140 (MQ=255) gTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTa < 1:9936221/140‑1 (MQ=255) tttACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTAt > 1:3506996/1‑140 (MQ=255) tttACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTAt > 1:9264655/1‑140 (MQ=255) tGATGCTGGCGAGGTCACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGCTATGAGTTAAGGCTGTCCCACGGAGTTGGATGAGAACCCATCAGGTGCAGGAACATTATCTTCGGGGAGGCTGTTTCAGcc > 2:10834472/1‑140 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ttattCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGga > 1:1656440/1‑140 (MQ=255) ttattCGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTGTTACGGga > 2:5983300/1‑140 (MQ=255) tattCGGCTAGGAGTTATGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGgaa < 2:2980857/140‑1 (MQ=255) cGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTCTCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGgaagcga > 2:4403342/1‑140 (MQ=255) cGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGgaagcga > 1:966054/1‑140 (MQ=255) cGGCTAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAAAAGTTTGTCATCTGTTTTACGGgaagcga > 2:7027721/1‑140 (MQ=255) ctAGGAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGAGGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGGAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGgaagcgaagc < 1:1019509/139‑1 (MQ=255) ggAGTTAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGGAAGCGAAGCTGc < 2:11392830/140‑1 (MQ=255) tAAGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGGAAGCGAAGCTGCCTTTc > 1:8757467/1‑140 (MQ=255) aGGCTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGGAAGCGAAGCTGCCTTTCtt > 2:5600220/1‑140 (MQ=255) cTGTCACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGGAAGCGAAGCTGCCTTTCTTGAg < 2:465896/140‑1 (MQ=255) | AAATGACGTGAGTACCGGCGAAGGATACCATCAAGCTGGCCAAG‑AAAGTTATCCAGTTTACTGATGCTGGCGAGGTAACAGGCAATTTTTCGGGGATACTGCTCCAGGTAATTATTCGGTTAGGAGTTAAGGCTGTTACACGGATTTGGATGAGAACCCATCATGTGCAGGAAAATTATCTTCGGAGAGGATGTATCCGCCAGCGCACGTTCTGTTTCCTGTAACAACAGTTTGTCATCTGTTTTACGGGAAGCGAAGCTGCCTTTCTTGAGG > NZ_CP025268/4501839‑4502111 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |