Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,579,872 | T→C | M1M (ATG→GTG) † *460* (TAA→TAG) |
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5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease system specificity protein McrC 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,579,872 | 0 | T | C | 99.9% | 5106.9 / NA | 1461 | M1M (ATG→GTG) † *460* (TAA→TAG) | mcrC mcrB | 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease system specificity protein McrC 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (739/721); minor base G (0/1); total (739/722) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1462 total aligned reads displayed.
TAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCATTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATC > NZ_CP025268/4579735‑4580006 | atacatacCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATg > 2:854458/1‑140 (MQ=255) tacatacCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGa > 1:10213083/1‑140 (MQ=255) acagacCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAg < 2:6617198/140‑1 (MQ=255) atacCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTc < 2:6887148/140‑1 (MQ=255) 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1:2023939/1‑140 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATc > 1:499618/1‑140 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTAGAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATc > 1:6241455/1‑140 (MQ=255) | TAATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCATTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATC > NZ_CP025268/4579735‑4580006 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |