| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 1,598,952 | (C)9→8 | pseudogene (3955/5423 nt) | CXP41_RS08400 ← | ECSE_1600 family autotransporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 1,598,944 | 0 | C | . | 96.7% | 2202.4 / 59.4 | 503 | pseudogene (3963/5423 nt) | CXP41_RS08400 | ECSE_1600 family autotransporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/10); new base . (210/264); total (219/284) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.21e-01 | |||||||||||
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Only 100 of 552 total aligned reads displayed.
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ctcCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATAGTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATg > 1:10243992/1‑140 (MQ=255) ccAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACTCGCTGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGc < 2:4097198/140‑1 (MQ=255) ccAGGTTGCCGCCGATAGTGGATTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCC‑GGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACAGTTCCCGACATCACACCGCTGTTAGGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATAGTAATGGc < 2:2936140/140‑1 (MQ=255) aGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCag < 1:8320132/140‑1 (MQ=255) ggTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTAt > 1:5912414/1‑103 (MQ=255) gccgccGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTG‑CCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCg < 1:134396/140‑1 (MQ=255) 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1:5397401/1‑140 (MQ=255) | AACGTCATCAGGCCATTGTTTCCGGTATAGTTGCCGTTAACGGTCAGTACATTCCCCGGTTTCCCCCCTTCGCTATTCATTTGAACCGTGCCGCCATTCTCCAGGTTGCCGCCGATAGTGGTTTTAGCGACACGCAGTGCCCCCCCCCAGGCATAACGTTCATATCACCTGCAGTGGTGACATTTCCCGACATCACACCGCTGTTATGGATATTAATGTGTTGACTTGCCATATTAATGGCAGAGTCGGAACCGAAAGCAATTTCCCCCCCCA > NZ_CP025268/1598805‑1599077 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |