Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 3,103,344 | (C)8→7 | pseudogene (585/721 nt) | yggN ← | DUF2884 domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 3,103,337 | 0 | C | . | 99.0% | 1388.6 / 3.8 | 296 | pseudogene (592/721 nt) | yggN | DUF2884 domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/2); new base . (135/157); total (137/159) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
AAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGCCCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCG > NZ_CP025268/3103198‑3103472 | gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 2:9422428/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:7375466/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 2:4534221/1‑140 (MQ=255) gagGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGcccccc > 1:2590998/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) agGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccccc > 2:3956194/1‑140 (MQ=255) agGATTATTTTAAAGTCCCGACCAGGGCATTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCATTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccccc < 1:7285429/140‑1 (MQ=255) ggATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGccccccca > 2:4190443/1‑139 (MQ=255) tattTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCt < 2:1001330/140‑1 (MQ=255) tttAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTcc < 1:37183/140‑1 (MQ=255) tAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCa > 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2:2813433/140‑1 (MQ=255) ttttCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCAcc < 2:4292077/140‑1 (MQ=255) ttttCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCAcc < 1:10589376/140‑1 (MQ=255) tGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGc < 2:8833993/140‑1 (MQ=255) ttttCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGAGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGa > 2:4897139/1‑140 (MQ=255) tttCCACTCGGTTTGGATTGACGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGAt < 1:466755/140‑1 (MQ=255) ttCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGAtt < 1:2999415/140‑1 (MQ=255) ccACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCa < 1:7916429/140‑1 (MQ=255) aCTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACt < 2:7645308/140‑1 (MQ=255) tCGGTTTGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTAAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTaa > 1:8857950/1‑140 (MQ=255) tttGGATTGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGc > 1:4566354/1‑140 (MQ=255) ttGAGGATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCt > 2:7510881/1‑140 (MQ=255) ggATTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCgg > 1:9830568/1‑140 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCTTTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:4355784/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 1:8198014/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:8284599/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 1:1655099/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 1:5625892/140‑1 (MQ=255) aTTGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGgcg < 2:2102138/140‑1 (MQ=255) tGCAGCCG‑CCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTATGGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCTCCGCTTTCGCGGCCATTTCTTTATTGATGTCCTGTACAATGCCAGGCATTGCCTGGTGCAGTCATGGCTGGGCTTCGGcgcg > 2:6009837/1‑140 (MQ=255) tGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGcgcg < 1:6674069/140‑1 (MQ=255) tGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGcgcg < 1:6011095/140‑1 (MQ=255) tGCAG‑CCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGcgcg > 2:10363283/1‑140 (MQ=255) | AAATAGAGGATTATTTTAAATTCCCGACCAGGGCTTTGCGGCTATCTTCCAGAGTCACAACGCGGCTACAAACATCTTTGCCAAACTGCTGGAAATCTTTTTCCTGCTTTTTCCACTCGGTTTGGATTGAGGATTGCAGCCCCCCCCAGGCTTCCCAGCACATTCTGTAATGGGTTACCGCCGCTTTTCAGCACCGCTTTCGCGCCCATTTCATTAATGCTGTCCTGTAAAATTCCACCCATTGCCTGATTCACTAATTGCTGGCCTTCGGCGCG > NZ_CP025268/3103198‑3103472 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |