Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 3,665,051 | (G)7→6 | pseudogene (256/730 nt) | gadW ← | acid resistance transcriptional activator GadW |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | NZ_CP025268 | 3,665,045 | 0 | G | . | 99.8% | 3990.3 / 2.2 | 838 | pseudogene (262/730 nt) | gadW | acid resistance transcriptional activator GadW |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); major base . (311/523); minor base T (0/2); total (313/525) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 |
Only 100 of 908 total aligned reads displayed.
TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACAAAA > NZ_CP025268/3664906‑3665180 | gCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATgg < 2:4637826/140‑1 (MQ=255) cTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATggg < 2:8163463/140‑1 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCATTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTAATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACAAGCGGCAgggggg > 2:601689/1‑140 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATggggg > 2:171283/1‑140 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATggggg < 1:9853873/140‑1 (MQ=255) aTTGAAAAGTAAGGGGATCAGTACTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATAGCTCAGTATCGGTGAATTTACACCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGACGTCACCAGCGGCATtgggt > 1:9120463/1‑139 (MQ=255) tGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATggggggt < 2:6149016/140‑2 (MQ=255) aaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATACACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACt < 2:6302948/140‑1 (MQ=255) aaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACt < 1:5863257/140‑1 (MQ=255) aaGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACt < 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1:3772403/140‑1 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:4087438/140‑1 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 2:8924259/140‑1 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt < 1:78937/140‑1 (MQ=255) ggATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCt > 2:5548955/1‑140 (MQ=255) ttCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCAT‑GGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCAt < 1:5208978/140‑1 (MQ=255) 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2:10533131/1‑140 (MQ=255) | TGCTATTGAAAAGTAAGGGGATCAGTTCTTTCTTATGAGAAAACATCGATAAACAGGAAAGGTAGAGCATATTGCTCAGTATCGGTGAATTTACCCCGGATTCATTGAAGCTATC‑AAAAATCGCCGTCACCAGCGGCATGGGGGGGTGACTGGTTAATTAACAAACGGTCTTTGCTGTGTAACCCTAAATTGCGTGGTAGCTGACGAATATTTTGTAAGTAATGGCAAACTGTCAGCTCATCGATATCCAGTCGTCGCGTATCCGGTGAACAAAA > NZ_CP025268/3664906‑3665180 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |