| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 581,197 | +G | intergenic (+50/+4) | CXP41_RS24355 → / ← CXP41_RS03085 | tail fiber assembly protein/class I SAM‑dependent methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 581,196 | 1 | . | G | 98.8% | 4875.8 / 38.1 | 1410 | intergenic (+49/+5) | CXP41_RS24355/CXP41_RS03085 | tail fiber assembly protein/class I SAM‑dependent methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (8/9); new base G (899/494); total (907/503) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 1439 total aligned reads displayed.
AGCCTGGAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTC > NZ_CP025268/581057‑581330 | aaTATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTAttt < 1:2220763/140‑1 (MQ=255) cGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTc > 1:10605905/1‑140 (MQ=255) cGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTc > 1:4379846/1‑140 (MQ=255) tGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGc > 2:3700376/1‑140 (MQ=255) 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gcGGTTGGATGCTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCttt < 2:9753784/140‑1 (MQ=255) | AGCCTGGAAAAAATATCGGGTGTTGCTGAACCGTGTTGATACATCAACTGCACCTGATATTGAGTGGCCTACGAACCCTGTCAGGGAGTAATCATTGGGATTATGCCGCAGCACGTCTTAAGCAAGAACATGCTGCGGTT‑GATGTTATTTTTTTCCTGAAGCGGAAAACATTACTACAGTACCTTGAACCTTGGTTTTAACATTCTCGAAATGCTCTGAGAGTATATGTGTTAAGCCTTCTTCGGAATCTTTTGTGTTTGAAAAGATGCCTTTC > NZ_CP025268/581057‑581330 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |