| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 2,769,852 | +C | intergenic (‑52/‑89) | yfjM ← / → rnlA | DUF1524 domain‑containing protein/type II toxin‑antitoxin system toxin mRNA endoribonuclease RnlA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 2,769,848 | 1 | . | C | 97.2% | 1566.2 / 31.1 | 467 | intergenic (‑48/‑93) | yfjM/rnlA | DUF1524 domain‑containing protein/type II toxin‑antitoxin system toxin mRNA endoribonuclease RnlA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/12); new base C (209/242); total (211/256) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.15e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 487 total aligned reads displayed.
TCTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGCAA > NZ_CP025268/2769710‑2769983 | tCTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTGTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCGGCCCTAGAGTGGGTGTG‑c > 1:10366761/1‑140 (MQ=255) cTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGTCGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑cc < 2:5506921/140‑1 (MQ=255) cTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑cc < 1:9080023/140‑1 (MQ=255) cTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑cc < 1:2235656/140‑1 (MQ=255) 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1:8729662/140‑1 (MQ=255) ggAGTGCCCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGta > 2:5212447/1‑57 (MQ=255) ggAGTGCCCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAAt > 1:5560060/1‑107 (MQ=255) ggAGTGCCCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAAt > 1:3780722/1‑129 (MQ=255) gAGTGCCCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGaaa > 1:10101404/1‑99 (MQ=255) gAGTGCCCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGaaa < 2:10101403/99‑1 (MQ=255) gAGTGCCCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGCa > 1:4423626/1‑140 (MQ=255) gAGTGCCCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGCa < 2:8124017/140‑1 (MQ=255) gAGTGCCCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGCa < 2:1281317/140‑1 (MQ=255) agtgg‑CCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGCaa > 1:2349769/5‑140 (MQ=255) | TCTTGTCTGCTGGCGAATAATTACTAAGTATCGAGTTGCTGCTTGGTGAGATCAGGAAGAGGTTACCGAAACGATGGACATCATCCCCCATTTTGTGGACTG‑CCCCCCCGGTAGACGATCCTGCCCTATAGTTGGAGTG‑CCC‑CTATTCAGGTGGCTAAATTTAGCAAATCAATACACTTCAGGGGGGTATTATTGTAGAGTTTCCCCATATGTTTCTATGGGATCCAGGAAATGACAATCAGGAGTTACAAAAACTTAAATCTGGTCAGGGCAA > NZ_CP025268/2769710‑2769983 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |