| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,309,690 | (C)5→6 | intergenic (‑81/+27) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,309,685 | 1 | . | C | 99.0% | 1771.6 / 6.5 | 511 | intergenic (‑76/+32) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/1); new base C (261/244); total (265/246) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 577 total aligned reads displayed.
TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CCCCACCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACT > NZ_CP025268/3309546‑3309819 | aTTACTGCATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c > 2:3496913/1‑140 (MQ=255) gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccg < 1:8850792/139‑3 (MQ=255) cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCACAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgc > 2:3090817/1‑137 (MQ=255) cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑c‑cccccgc > 1:129154/1‑137 (MQ=255) 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2:3893570/140‑1 (MQ=255) cGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGc < 2:6589831/140‑1 (MQ=255) tCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGctt < 1:3323202/140‑1 (MQ=255) tCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGctt < 2:9067470/140‑1 (MQ=255) cTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCTCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGcttct > 2:5002153/1‑140 (MQ=255) cTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGcttct > 1:4144345/1‑140 (MQ=255) gggtGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 1:8591098/137‑1 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGCGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt > 2:9374031/1‑140 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt < 1:2033110/140‑1 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt > 2:8116309/1‑140 (MQ=255) ggTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCt > 1:7535819/1‑140 (MQ=255) gTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTc > 2:10705852/1‑140 (MQ=255) gTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTc > 2:7912521/1‑140 (MQ=255) tGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAg > 2:6194766/1‑140 (MQ=255) gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 2:2584952/140‑1 (MQ=255) gCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGa < 2:889863/140‑1 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:4684764/1‑140 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 2:4351288/1‑140 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:1826614/140‑1 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGtg > 2:9517731/1‑88 (MQ=255) ggCGTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACg > 2:6499582/1‑140 (MQ=255) gTCCTGCCCGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGcc > 2:2162172/1‑140 (MQ=255) ccGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGa > 1:6002747/1‑140 (MQ=255) cGGTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGAt < 1:10106495/140‑1 (MQ=255) gTTAAAAGCC‑CCCCGCCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTTCTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCa < 2:10269172/140‑1 (MQ=255) | TATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAAG‑C‑CCCCACCGCAGCGGAGGGC‑AAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAACT > NZ_CP025268/3309546‑3309819 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |