Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 3,851,714 | +C | pseudogene (345/1502 nt) | uhpB ← | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 3,851,710 | 1 | . | C | 98.4% | 1682.3 / 16.7 | 490 | pseudogene (349/1502 nt) | uhpB | signal transduction histidine‑protein kinase/phosphatase UhpB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (4/4); new base C (241/240); total (245/245) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.20e-01 |
Only 100 of 583 total aligned reads displayed.
GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCC‑G‑C‑CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGT > NZ_CP025268/3851571‑3851844 | ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCTCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgcc‑g < 2:4230776/140‑1 (MQ=255) ggCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgcc‑g < 2:3776751/140‑1 (MQ=255) ggCGAGATAGGGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGTGCAGCGACTGCAACAAAGCCGCCGCCGTTAAcgcc‑g < 2:8392701/140‑1 (MQ=255) ggCCAGAAAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAACGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACCCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAAcgcc‑g < 1:10697565/140‑1 (MQ=255) 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1:9294933/140‑1 (MQ=255) gccgccgccGTTAACGCC‑GCC‑CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGc < 2:9117921/140‑1 (MQ=255) ccgccgccgTTAACGCC‑GCC‑CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGcc > 2:4402511/1‑140 (MQ=255) ccgccgccgTTAACGCC‑GCC‑CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGcc > 2:3595723/1‑140 (MQ=255) ccgccgTTAACGCC‑GCC‑CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGc > 1:5525210/1‑140 (MQ=255) cgccgTTAACGCC‑GCC‑CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCg < 1:243410/140‑1 (MQ=255) 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2:4636854/1‑140 (MQ=255) | GGCGAGATAGTGCCAGAACACCAGACATATCGGGGCCAGCGTCAGGCCGCCAGTTAAAGTCAGCAACAGCGCATTCCACGACTCTTTGCCGTGCCAAAGCCAGGGCAGCGACTGCAACAACGCCGCCGCCGTTAACGCC‑G‑C‑CCCTGTAACAGCAAGGTGCGCCAGTCACGCTGATGGCGATAGCGCGAGATCAGCGCTACGGGCAGTAACGTCAGTAAACTACCGATCATCAATAACGGAAAATGGGTTAAACCGACCGCCTGCGTTAGCCAGT > NZ_CP025268/3851571‑3851844 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |