| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP025268 | = 4297793 | 384 (0.620) | 10 (0.020) | 10/188 | 10.4 | 2.6% | intergenic (+76/+568) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter GltP/Sel1 family TPR‑like repeat protein YjcO |
| ? | NZ_CP025268 | 4298359 = | 466 (1.070) | intergenic (+642/+2) | gltP/yjcO | glutamate/aspartate:proton symporter GltP/Sel1 family TPR‑like repeat protein YjcO | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
GTGCTGGTGATTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP025268/4297616‑4297793‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatgcctgatgcgacgcttgccgcgtcttatcaggcctaTCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCG > NZ_CP025268/4298359‑4298497 GCTGGTGATTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAAT > 1:5236475/1‑140 GCTGGTGATTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAAT < 1:1922610/140‑1 GCTGGTGATTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAAT < 1:17147/140‑1 GGTGATTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCC < 2:7150696/140‑1 GGTGATTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTAGGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCC < 2:9605196/140‑1 TTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATG < 1:5459740/140‑1 TGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGC < 2:5130897/140‑1 TGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGC > 1:9636059/1‑140 CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGA > 2:9101158/1‑140 CCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGA > 2:386448/1‑140 AGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAATACTGCGGATCTATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGC > 1:8665376/1‑140 AGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGC > 2:187847/1‑140 AGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGC > 1:6299029/1‑140 AGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGC > 1:1485769/1‑140 GGAACACAAATTTGACCGTAAGAACGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGC < 2:2387136/140‑1 GGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAACACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGC < 2:2580119/140‑1 GGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGC > 1:3696350/1‑140 GAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCC > 1:2166791/1‑140 GAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCC > 1:1081442/1‑140 GAACACAAATTTGACCGGAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGCATGCCTGATGCGACGCTTGCC < 2:4317269/140‑1 AACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCG < 1:7711319/140‑1 AACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCG > 1:4008527/1‑140 ACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGC > 2:2940246/1‑140 CACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCG < 1:713490/140‑1 ACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAACCTGCGGATCAATAAGTGAAGATTGCCGGGGAGATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGCTGCGACGCTTGCCGCGT < 2:3200122/140‑1 AATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTT > 1:9962020/1‑140 TTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTAT < 1:5939642/140‑1 TTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTAT < 1:9413542/140‑1 TGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTTACGCGTCTTATCA > 1:5576425/1‑140 ACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAAGTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGG > 2:1719989/1‑140 CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCTGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGC < 1:8456681/140‑1 CCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGNGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGC < 1:5796793/140‑1 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GTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCT > 1:6540092/1‑140 TGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGC < 1:3621103/119‑1 TGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCA > 2:8927356/1‑140 CCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAAC < 1:2981973/59‑1 GGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGC > 2:4481027/1‑47 TGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCC < 2:7536298/41‑1 ATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCA > 2:7684455/1‑83 ATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCA > 2:2187942/1‑83 TGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAA > 1:8636243/1‑63 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GCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATT < 2:2880583/140‑1 GCCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATT > 1:8845612/1‑140 CCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTC < 2:7420860/140‑1 CCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTC > 2:256804/1‑140 CCTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGGTTAAGAACATCATTC > 1:207207/1‑140 CTATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCC > 1:8048490/1‑140 TATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCC < 2:3519636/140‑1 TATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCC < 1:8261969/140‑1 ATCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCG > 1:7225069/1‑140 GTGCTGGTGATTGCCAAGTGGGAACACAAATTTGACCGTAAGAAAGCGCTGGCTTATGAGCGTGAAGTGCTGGGCAAATTTGATAAAACTGCGGATCAATAATTGAAGATTGCCGGGGATATCCACCCGGCAATGTGTGAATGCCTGATGCGACGCTTGCCGCGTCTTATCAGGCCTA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP025268/4297616‑4297793‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑aatgcctgatgcgacgcttgccgcgtcttatcaggcctaTCTTAACCGTTGGTTAATTTTTCAAACTCTTCACACCCGGTATCAAACCCTTCCATACAGCTCAGGTTCAACCAGTGCAGCGCCTTTTGCTTGTTCTTCTCGATAAAACCTTCTTCACCGTTTAAGAACATCATTCCCG > NZ_CP025268/4298359‑4298497 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |