| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,240,303 | 0 | A | T | 20.1% | 468.9 / 33.8 | 202 | intergenic (+73/‑326) | alx/sstT | TerC family membrane protein Alx/serine/threonine transporter SstT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (102/53); new base T (0/39); total (104/98) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-15 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAT > NZ_CP025268/3240164‑3240442 | tCTGGTGATGTCGTTTATTAACAACGCCTGGGTGAATGATCGGCATGATAATCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTTCCCTGTCATTATCATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCGAGGgaga < 2:8245322/140‑1 (MQ=255)tCTGGTGATGTCGTGTATTCTCAACGCCGGGGGGCATTAGCGGCATGATACGCAGCGGGGGGGATATTGTTTATTCTGCCGACCCCGTGTACCCTGACATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCCGGgaga < 2:7572509/140‑1 (MQ=255)tCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaga < 2:8475002/140‑1 (MQ=255)tCTGGTGATGACGGTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaga > 2:2306392/1‑140 (MQ=255) tGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAgg > 1:6816899/1‑140 (MQ=255) gTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGNGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTNCCAGGGAGAGGGt < 1:5756767/140‑1 (MQ=255) gTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:5445685/140‑1 (MQ=255) gTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:1170830/140‑1 (MQ=255) gTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 2:1704009/140‑1 (MQ=255) gTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGa > 1:9918311/1‑140 (MQ=255) ttattaTCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGgaga < 1:5317571/126‑1 (MQ=255) ttattaTCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 1:6494106/1‑140 (MQ=255) ttattaTCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTGTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAgg > 2:2505022/1‑140 (MQ=255) aaCGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt < 1:612084/122‑1 (MQ=255) aaCGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGt > 2:612084/1‑122 (MQ=255) tGGGTTTATTATCGGAATGATAAGCAGCGGTGTGGATTATTTTTAATCTGCATACGCCGTGTCCCCTGTCATTAACATGACCACCTGTTTCGCCATCTCCCTCCCCGGTCGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc < 2:76708/140‑1 (MQ=255) ggggTGAATTATCGGCATGATAAGCCGCGGGGTGTATAATTTTTAATCTGCCTACGCCGTGTACCCTGAATTTAACATGAGCACCTTTTACGCCCACCCCCTTCCTGGTAGTGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCAc < 1:9158229/139‑1 (MQ=255) ggTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCg > 2:4597132/1‑140 (MQ=255) ttATCGGCTTGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCGGCATAAGCGGTGTACCCTGTCATAAACATGAGCACCGTTTTCCCCCTCTCCCTTCCTGGGAGAGGGTGGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTg < 2:6494105/140‑1 (MQ=255) aTCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGc > 1:10025169/1‑140 (MQ=255) ggCATTATAAGCTGGGGGGTGTATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTTTAATTAAAATGAGCACCTTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGTGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTg < 1:7108148/140‑1 (MQ=255) tacgctgcGGGGCGGATAATTTTTAAACGGCCTACGCCGTGTACCCTGCCATTAACAGTAGCACCTTTTTCTCCCTCGCCATACCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTGTGCGCACCGATGCTGGCCTGGTCCCCt < 2:5008146/134‑1 (MQ=255) tAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTACGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCt < 2:10751794/140‑1 (MQ=255) aaaGCAGGGGGTTGTATATTTTTTATTCTGCCTACGCCGTGTACCCTGTCTTAAACTTGACCACCTTTTTCTCCCTCCCCCTTCCCGGGTGCGGGTCGGGGTGTGTGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCt < 1:9779357/139‑1 (MQ=255) aaaGCAGCGGGGTGTATATTTTTTAAACTCCCAAAGCCGGTTCCCCTGACATTAACATGAGAACCGTTTTCACCCACTCCCTTCCTGGTAGTGGGTCGGGGTGAGGTTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCt < 2:1404375/139‑1 (MQ=255) agcagcGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTTTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCa < 2:10304848/140‑1 (MQ=255) tggggggTGTATAATTTTTAATCTGCCTATGCCGTGTACCCTGTAATTAACTTGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCCGGGAGTGGGTCGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCAccc < 1:9639532/137‑1 (MQ=38) ggggggTGTATATTTTTTAATCGGCATCCGCCGTGTACCCTGACATAACCTGGCGCACGGTTTCCGCCCTCGCCCTTCCGGGTTGTGGGGGGGGGGTTGGTTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCt < 1:6264682/138‑1 (MQ=255) gcGGGGTGTATATTTTTTAATCTGCCTAAGCCGTTTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGTTCGGGGTTAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCt < 2:9477581/140‑1 (MQ=38) cGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTa > 1:1426001/1‑140 (MQ=255) gggTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAc > 1:2230637/1‑140 (MQ=255) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTACGCCGTGTACCCTGCCCTTAACAAGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTCCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTATTCGCACCGATGCGGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAccc < 2:5351376/140‑1 (MQ=37) gTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCTTGTACCCTTTCTTTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTATCCCTTCCAGGGAGTGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAAccc < 2:2809129/140‑1 (MQ=38) tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCct > 2:10221785/1‑140 (MQ=255) tGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGATTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGGCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCct < 2:6874894/140‑1 (MQ=255) ggATAATTTTTAATCTGCCTAAGCAGTGTACCCTGTATTTAACATGAGAACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCTGGGAGAGGTTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCctc < 2:9625629/140‑1 (MQ=37) ggATAATTTTAAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAAATTGAGCACCTTTTTCTCCCTCTCCCTCCCAGGTATAGGGTCGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCctc < 2:3577661/140‑1 (MQ=37) aTAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCtctc < 2:1455947/140‑1 (MQ=255) tttAATCTGCCTACGCCGTTTACCCTGTCATTAACATGCGCACCTTTTTCTCCCTCGCCCTACCCGGGATTGGGGCGGGGTGAGGTAAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCaaa < 1:2768834/140‑1 (MQ=25) tCTGCCTATGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACGGTTTTCTCCCTCTCCCTTCATGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACgggg < 2:2630616/140‑1 (MQ=255) tCTGCCTAAGCCGTGTCCCCTGCAATTAACCTGAGCACCGTTTTCACCCACCCCCTCCCTGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACgggg < 1:10546219/140‑1 (MQ=25) tGCCTACGCGGTGTACCCTGTCATTAACATGTCCCCCGTTTCCTCCCCCCCCCTGCCCGGGTGTGGGGGGGGGGGTGGGACATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCg < 2:5382966/140‑1 (MQ=19) gCCTAAGCCGTGTACCATGTAATTAACATGAGCACGTTTTCCCCCCTCCCCCTCCCCGGGTGCGGGTGGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGa < 1:1303677/140‑1 (MQ=21) ccTACGCCGTGTACCCGGAATTAAACATGCGCCCCGTTTGCACCCTCTCCCTCCCTGGTTGTGGGGCGGGGTGTGGTAAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAg < 2:4911032/140‑1 (MQ=16) cccGTGTCCCCTGTCATTAACATGCGCACCGTTTGCGCCCTCACCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGAc < 2:4566270/139‑1 (MQ=25) gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGCGGGTCGGGGTGAGGGTCATTGTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGCCTGAcc > 2:7165530/1‑140 (MQ=25) gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGAcc > 2:8720524/1‑140 (MQ=255) gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGAcc > 2:1665835/1‑140 (MQ=255) gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGAcc > 1:4385337/1‑140 (MQ=255) gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGAcc > 1:6572142/1‑140 (MQ=255) gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCGCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGAcc > 1:18815/1‑140 (MQ=255) gtACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCAGTTCCCATCAACCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGAcc > 1:1704433/1‑140 (MQ=255) ctttaaTTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCTGGTTGTGGGTGGGGGTGTGGGAAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTc < 2:7475772/135‑1 (MQ=25) cTGTCATTAACATGAGCACCTTTTTCTCCCTCTCCCGTCCAGGGTGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTc < 2:7905070/140‑1 (MQ=255) tGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTcc > 2:8663047/1‑140 (MQ=255) tGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTcc > 1:9438947/1‑140 (MQ=255) tGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTcc > 1:5172088/1‑140 (MQ=255) tatttAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCTGGGAGTGGGTCGGGGTGAGGTTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCtt < 1:2724063/137‑1 (MQ=255) cATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCttt > 1:7475773/1‑140 (MQ=255) cATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCtgt > 1:382951/1‑138 (MQ=255) ttAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCttttt > 1:2909423/1‑140 (MQ=255) aCATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCACCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGTCCGAGTCCTTTTTTGa > 2:3314138/1‑140 (MQ=255) gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgtt > 1:9891143/1‑140 (MQ=255) gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgtt > 1:10791629/1‑140 (MQ=255) gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgtt > 1:9063904/1‑140 (MQ=255) gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCACCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgtt > 1:8596769/1‑140 (MQ=255) gAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCACACCCTAACCCACACCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTTAtgtt > 1:7712481/1‑140 (MQ=255) gCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCATGTTCCCCTCACACTAACCCTCTACCCAAACGTGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgttgt > 2:9237987/1‑140 (MQ=255) cccccGTTTCCCCCCCCCCCCTCCCGGGTCGCGGGTGGGGGTGCGGGCAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGAtgttgt < 1:3406483/137‑1 (MQ=21) cccGTTTTCGCCCACTCCCTACCCGGTCGTGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGGTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtca < 2:2101396/139‑1 (MQ=25) aCCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtca < 2:5172088/140‑1 (MQ=255) aCCGTTGTCTCCCTCTCCCTTCCTGGGAGTGGGTCGGGGTGAGGTTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtca < 1:4456264/140‑1 (MQ=255) cctttttCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGTGGGTGGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtcat < 2:449990/137‑1 (MQ=255) ccGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtcat < 2:9104230/140‑1 (MQ=255) ccGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtcat < 2:3819909/140‑1 (MQ=255) ccatttCACACTCTCCCTTCCAGCGAGAGTGTCGGGCTGAGGTAAAATTTACGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCACAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCATTTTTTGATGTTGtcatc < 2:9220743/137‑1 (MQ=21) cGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTAACCCTAACCCACACCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGAACCAGTCCTTTTTTGATGTTGtaata > 1:3171474/1‑139 (MQ=255) cGTTTTCTCCCTCGCCCTCCCTGGGAGTGGGGCGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtcatc < 2:7712513/140‑1 (MQ=25) cGTTGTCTCCCTCTCCCTTCCCGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtcatc < 2:10312503/140‑1 (MQ=255) cGTGTTCACCCTCCCCCCACCCGGGTGTGGGGGGGGGGGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGtcatc < 1:3585748/140‑1 (MQ=25) ttttCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGTTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCACACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTATTTGATGTTGtcatctg > 2:6328651/1‑138 (MQ=255) ttttCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAg > 2:6376575/1‑140 (MQ=255) tctccctctcccTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCt > 2:4199131/1‑140 (MQ=255) ctcccccaccctTCCCGGGAGCGGGTCGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTg < 1:8083987/140‑1 (MQ=37) tccctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTgg < 2:2758164/140‑1 (MQ=255) tccctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTAATCAGTCTgg > 1:734280/1‑140 (MQ=255) ctctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGTCCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAg > 1:897899/1‑140 (MQ=255) ctccctTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGcc > 2:2294244/1‑140 (MQ=255) ttCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACg > 1:10493337/1‑140 (MQ=255) tCCTGGGTGTGGGTGGGGGTGTGGTTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGt < 1:4597132/140‑1 (MQ=37) tCCTGGGTGTGGGTGGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGt < 1:6349135/140‑1 (MQ=37) tCCCGGGAGTGGGTCGGGGTGTGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGt < 2:4302312/140‑1 (MQ=255) tCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGt < 2:5864248/140‑1 (MQ=255) ccAGGGAGAGGGTCGGGGTGTGGTTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGtt < 1:10271582/140‑1 (MQ=255) agagGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCttt > 2:7097614/1‑140 (MQ=255) agagGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCAAACCCTCACCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTTTTGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCttt > 1:3236178/1‑140 (MQ=255) agGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGtt > 1:3792808/1‑132 (MQ=255) agGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:7731672/1‑140 (MQ=255) agGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 1:4265894/1‑140 (MQ=255) agGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAt > 2:977821/1‑140 (MQ=255) | TCTGGTGATGACGTTTATTATCAACGCCTGGGTGAATTATCGGCATGATAAGCAGCGGGGTGGATAATTTTTAATCTGCCTAAGCCGTGTACCCTGTCATTAACATGAGCACCGTTTTCTCCCTCTCCCTTCCAGGGAGAGGGTCGGGGTGAGGGTAATTTTTCGCACCGATGCTGGCCTGTTCCCCTCACCCTAACCCTCTCCCCAAACGGGGCGAGGGGACTGACCGAGTCCTTTTTTGATGTTGTCATCAGTCTGGAAGCCGCACGTTGGCTTTAT > NZ_CP025268/3240164‑3240442 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |