Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 360,362 | 0 | C | A | 27.6% | 226.8 / 15.3 | 159 | E184* (GAA→TAA) | lacA | galactoside O‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (62/51); new base A (43/0); total (108/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.32e-09 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
GCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACG > NZ_CP025268/360227‑360501 | gCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGa > 1:1136613/1‑140 (MQ=255) gCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGa > 1:1136960/1‑140 (MQ=255) gATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTAGCGAATAAACCGACAAGGAACGc > 1:324186/1‑140 (MQ=255) aTCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGcc < 1:7492657/140‑1 (MQ=255) 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cgcgAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACg < 1:2404914/140‑1 (MQ=255) cgcgAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACg > 2:2899305/1‑140 (MQ=255) | GCCGGATGCGGCTAATGTAGATCGCTGAACTTGTAGGCCTGATAAGCGCAGCGTATCAGGCAATTTTTATAATTTAAACTGACGATTCAACTTTATAATCTTTGAAATAATAGTGCTTATCCCGGTCGTTTATTTCGCGAATAACCCGACAAGGAACGCCAGCCGCCACGACGTTTGGTGGAATGTCTTTTGTGACGATACTACCCGCGCCAATAACAGAATTATCCCCGATGGTGACGCCTGGATTAATAACCACATGACTTCCGATCCAGACG > NZ_CP025268/360227‑360501 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |