Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 630,861 | C→T | S640F (TCC→TTC) | cstA → | pyruvate/proton symporter CstA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 630,861 | 0 | C | T | 99.7% | 2586.5 / NA | 668 | S640F (TCC→TTC) | cstA | pyruvate/proton symporter CstA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (288/377); minor base A (1/1); total (290/378) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 668 total aligned reads displayed.
GACCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAACCA > NZ_CP025268/630724‑630997 | aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 1:9746540/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 2:1818746/1‑140 (MQ=255) aCCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaa > 2:8369776/1‑140 (MQ=255) cGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaaca < 1:4627732/140‑1 (MQ=255) gCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATAGTCCGTCGCAGTAAACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTcaacaa > 2:4023311/1‑140 (MQ=255) cAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCaacaac < 1:4948043/140‑1 (MQ=255) tGGCAGAACGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGGTCCAGGCAAGGATCGACTGCGGCAATATTCCGACGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCACCTGGTGTTCAACAACCGTCt < 2:4601383/140‑1 (MQ=255) tGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCt < 2:5512173/140‑1 (MQ=255) tGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATAGTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCt < 2:2111142/140‑1 (MQ=255) ggCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTg > 1:6739792/1‑140 (MQ=255) aaaGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGc < 1:2479792/140‑1 (MQ=255) tttAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGtt > 2:2389833/1‑140 (MQ=255) tAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGttta < 1:10806768/140‑3 (MQ=255) tAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTaa < 2:10683286/140‑1 (MQ=255) cccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCa > 1:8286444/1‑140 (MQ=255) ccGGATGCGACAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 2:7531112/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 2:6274103/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 1:755804/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 2:2890942/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 2:10069975/140‑1 (MQ=255) ccGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAt < 2:849971/140‑1 (MQ=255) gATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAtctt > 1:7024686/1‑140 (MQ=255) aTGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAtcttc > 2:8704649/1‑140 (MQ=255) tGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCCGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCAtcttct < 2:3235423/140‑1 (MQ=255) gTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATAGTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTAtggt < 1:9088799/140‑1 (MQ=255) ggCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATggtggt < 2:1918619/140‑1 (MQ=255) ggCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATggtggt < 1:134782/140‑1 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1:10448152/1‑140 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:8049577/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:8876795/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 2:951513/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:6535784/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:6395796/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 2:5164909/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 2:5381957/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:2363723/140‑1 (MQ=255) cTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 1:1945333/140‑1 (MQ=255) cTAAGAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCa < 2:5807961/140‑1 (MQ=255) aataaGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACt < 1:5471074/140‑1 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2:1501403/1‑140 (MQ=255) cgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCg > 2:7826511/1‑140 (MQ=255) cgcAACTGGTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCg > 1:442455/1‑140 (MQ=255) ggTGTTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAAc < 2:9664151/140‑1 (MQ=255) tgtTCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAACCa < 1:5311034/140‑1 (MQ=255) | GACCGCAGGCTGGCAGAAAGCGTTTAGCCCGGATGCGAAAGTCGGCTTCCTGGCCATTGCTAATAAGTTCCAGGCAATGATCGACAGCGGCAATATTCCGTCGCAGTATACTGAGTCACAGCTGGCGCAACTGGTGTCCAACAACCGTCTGGATGCCGGGTTAACCATCTTCTTTATGGTGGTCGTGGTGGTTCTGGCACTGTTCTCGATTAAGACGGCACTTGCGGCATTGAAAGATCCGAAGCCAACGGCGAAAGAAACGCCGTATGAACCA > NZ_CP025268/630724‑630997 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |