| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 95,839 | A→G | *453* (TAA→TAG) I3V (ATT→GTT) |
murF → mraY → |
UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 95,839 | 0 | A | G | 99.7% | 2001.2 / NA | 580 | *453* (TAA→TAG) I3V (ATT→GTT) | murF mraY | UDP‑N‑acetylmuramoyl‑tripeptide‑‑D‑alanyl‑D‑ alanine ligase phospho‑N‑acetylmuramoyl‑pentapeptide‑ transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (321/255); minor base T (0/2); total (321/259) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 580 total aligned reads displayed.
TGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAATTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATT > NZ_CP025268/95704‑95974 | tGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtg < 1:5085025/140‑1 (MQ=255) aTAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggc < 1:7843139/140‑1 (MQ=255) aTAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTtggc > 1:2958256/1‑140 (MQ=255) tGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGa > 2:8474316/1‑140 (MQ=255) 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tttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATggg < 1:1410866/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTTATTGTGGATGGGc < 1:5762245/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 2:5116106/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 1:2551319/140‑1 (MQ=255) ttACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTATAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc < 1:7636291/140‑1 (MQ=255) tACAGGAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACAGTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGcc > 2:7990982/1‑140 (MQ=255) ggAGAATGGGACATGTTAGTTTGGCTNGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCcgcg < 1:6581691/140‑1 (MQ=255) gagaATGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGt < 1:559155/140‑1 (MQ=255) aaTGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACcgcg > 1:3321890/1‑107 (MQ=255) aaTGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGc > 1:10240450/1‑131 (MQ=255) aaTGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATg > 1:544584/1‑140 (MQ=255) aaTGGGACATGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATg > 2:2293357/1‑140 (MQ=255) 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tGTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCAt > 2:5481019/1‑140 (MQ=255) gTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCgcgc < 2:146127/75‑1 (MQ=255) gTTAGTTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCAtt > 2:5245100/1‑140 (MQ=255) | TGATAAAACTGCGTTAATTACGCGTCTTAAATTACTGATTGCTGAGCAACAGGTAATTACGATTTTAGTTAAGGGTTCACGTAGTGCCGCCATGGAAGAGGTAGTACGCGCTTTACAGGAGAATGGGACATGTTAATTTGGCTGGCCGAACATTTGGTCAAATATTATTCCGGCTTTAACGTCTTTTCCTATCTGACGTTTCGCGCCATCGTCAGCCTGCTGACCGCGCTGTTCATCTCATTGTGGATGGGCCCGCGTATGATTGCTCATT > NZ_CP025268/95704‑95974 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |