Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,661,562 | A→G | *187* (TAA→TAG) | speG → | spermidine N1‑acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,661,562 | 0 | A | G | 99.7% | 2394.7 / NA | 688 | *187* (TAA→TAG) | speG | spermidine N1‑acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (334/352); minor base T (1/1); total (335/353) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 688 total aligned reads displayed.
GTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAACATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTGTTTTACATTAC > NZ_CP025268/1661425‑1661698 | gTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCa < 2:10663854/140‑1 (MQ=255) gTTGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCa < 1:9337098/140‑1 (MQ=255) tGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGAATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCTCACAATAGCAtt < 2:10010083/140‑1 (MQ=255) tGAAGGTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCAGGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCAtt < 2:684022/140‑1 (MQ=255) ggTGAATTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATtaata > 2:10345301/1‑140 (MQ=255) aTTGATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTaataataat < 2:2677132/140‑1 (MQ=255) gATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCANAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAatcga < 1:5799768/140‑1 (MQ=255) gATGCACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAatcga < 2:7944203/140‑1 (MQ=255) gATGCACGAGTTCTTTATTAATGGCCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAatcga < 1:6571849/140‑1 (MQ=255) cACGAGTTCTTTATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGt < 1:26601/140‑1 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(MQ=255) tttATTAATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGAt < 1:5278117/140‑1 (MQ=255) ttaATGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa < 2:9321766/135‑1 (MQ=255) aTGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTaa < 2:1913120/140‑1 (MQ=255) tGGTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTaaa > 2:2892150/1‑140 (MQ=255) gTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAAcc > 1:4030622/1‑140 (MQ=255) gTCAATATCGTAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAAcc > 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tAATGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGAcgg > 2:8956198/1‑140 (MQ=255) aaTGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGAcggc < 1:8939451/140‑1 (MQ=255) aTGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGAcggcg < 2:172901/140‑1 (MQ=255) tGCCATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGAcggcgg > 2:5700877/1‑140 (MQ=255) ccATTCGCATGTGTATATTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa > 2:10800174/1‑114 (MQ=255) aTTCGCATGTGTATCTTCCAGCATCAGTATCTGGCAGAGCACAAAACACCGGGTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATAGATCGTATTTTTGATGGAGTAAACCCGTTCGACGGCGGGttt > 1:8720232/1‑140 (MQ=255) 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gTCAGACTCTCCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTg > 1:8004471/1‑140 (MQ=255) tcCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTca < 1:4775379/140‑1 (MQ=255) tcCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTca > 1:9499896/1‑140 (MQ=255) tcCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTca > 1:3145218/1‑140 (MQ=255) tcCTGAAGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTca < 1:3600160/140‑1 (MQ=255) aaGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGct < 1:2015342/140‑1 (MQ=255) aaGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGct < 2:2380534/140‑1 (MQ=255) aGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGctc > 2:3074742/1‑140 (MQ=255) aGCCGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGctc > 2:3465301/1‑140 (MQ=255) ccGACCTCTCATTAGCATTATTTTTATTCGTTCGTATTTTTGATGGTGTAAACACGTTCGTAGGGGGGTTTTACTCCTTCATCAACTATGATTAGCTGACAGTACAGCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTg < 1:6341513/140‑1 (MQ=255) ccGACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGATGGTGTAAACCCGTTCGACGGCGGGTTTTACTCCTTCATCAACAATGATTAGCTGACAGTCCACCGGATTAGCGTGACTGTCATATTCACAGCTCTg < 2:3298988/140‑1 (MQ=255) gACCGCACAATAGCATTAATAATAATCGATCGTATTTTTGa < 1:2207075/41‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |