| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,713,981 | C→T | P8S (CCC→TCC) | rsxD → | electron transport complex subunit RsxD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,713,981 | 0 | C | T | 99.7% | 2369.3 / NA | 615 | P8S (CCC→TCC) | rsxD | electron transport complex subunit RsxD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (259/353); minor base G (0/2); total (259/356) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 636 total aligned reads displayed.
AGGCTAATGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCCCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAG > NZ_CP025268/1713844‑1714117 | aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 1:4455096/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 1:6242624/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 2:2728734/140‑1 (MQ=255) aaTGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTta < 1:7739127/140‑1 (MQ=255) tGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCGGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCACAAAAGCCGCCCAGCAGTAGGTTGTACACGAGGAGTCACTGGTCTTCAGAATAGCTAGCTCCCCttctc > 2:5145858/1‑137 (MQ=255) tACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCAt > 1:5539678/1‑140 (MQ=255) tACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCAt > 1:7908929/1‑140 (MQ=255) tACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCAt > 2:1527824/1‑140 (MQ=255) aaCCAGAAGAACAGGTTGATCCGCCCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTCCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCAGACAAGCCGAAGGTAGTAAACGAGGAAAAAATGTGATTCAGAATAGCTCGCTCCCCTTAAACCCAt > 2:700469/2‑140 (MQ=255) cAGTAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGGTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGGCTCAAAAGCCGGCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTTTATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCGATaag < 2:7326760/140‑2 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aCAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGcc > 2:378530/1‑140 (MQ=255) aCAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGcc > 1:2220707/1‑140 (MQ=255) aCAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGcc > 2:9252671/1‑140 (MQ=255) gATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATc < 1:5097625/140‑1 (MQ=255) gATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATc < 1:10737945/140‑1 (MQ=255) gATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTAGACCCATAACCAGCGCCAGACATc < 1:7019421/140‑1 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gCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATATCCAGCGCCAGACATCGCGCAGTATGGTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGc > 2:10802557/1‑140 (MQ=255) aaaaaaGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAgc > 1:3434018/1‑140 (MQ=255) aaaaaGCCGCCCAGCAGACGGTTGTAACCGAGGACTAACTGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAgcg < 2:2130361/140‑1 (MQ=255) aaGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCaa < 1:1505387/140‑1 (MQ=255) aGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAAc > 1:2786093/1‑140 (MQ=255) ccgccCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCCGGAATCGCAGCGCAACtg > 2:8826473/1‑140 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(MQ=255) gAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCa < 1:9597378/140‑1 (MQ=255) gAATAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCa < 2:2385615/140‑1 (MQ=255) aaTAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCAt > 2:4301070/1‑140 (MQ=255) aaTAGCTAGCTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGGTCAGATCGTGTTGGCag > 2:9677032/1‑139 (MQ=255) tagctagcTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCg > 1:1042157/1‑140 (MQ=255) agctagctCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTttggt > 1:8248676/1‑106 (MQ=255) agctagctCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCgg > 2:740392/1‑140 (MQ=255) agctagctCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCgg > 1:2543433/1‑140 (MQ=255) agctagctCCCCTTAGACACATAAACAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCTACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCgg < 2:5472480/140‑1 (MQ=255) gctagcTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGt < 1:17616/140‑1 (MQ=255) gctagcTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGt < 1:1342057/140‑1 (MQ=255) ctagcTCACCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTg < 1:5256978/71‑1 (MQ=255) tagcTCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTa < 1:311365/140‑1 (MQ=255) | AGGCTAATGCGGTACCAGAAGAACAGGTTGATCCGCGCAAAGCGGCAGTTGCCGCGGCTATTGCCCGCGCTCAGGCCAAAAAAGCCGCCCAGCAGAAGGTTGTAAACGAGGACTAAATGGTATTCAGAATAGCTAGCCCCCCTTATACCCATAACCAGCGCCAGACATCGCGCATTATGCTGTTGGTGTTGCTCGCAGCCGTGCCAGGAATCGCAGCGCAACTGTGGTTTTTTGGTTGGGGTACTCTCGTTCAGATCCTGTTGGCATCGGTTAG > NZ_CP025268/1713844‑1714117 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |