Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 261,616 | A→G | H354R (CAT→CGT) | proA → | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 261,616 | 0 | A | G | 99.9% | 2325.3 / NA | 665 | H354R (CAT→CGT) | proA | glutamate‑5‑semialdehyde dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (375/289); minor base C (0/1); total (375/290) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 665 total aligned reads displayed.
GTATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCATTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTG > NZ_CP025268/261479‑261752 | tATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGttt < 2:6526066/140‑1 (MQ=255) tATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGttt < 1:1569033/140‑1 (MQ=255) gACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGt > 1:2450160/1‑140 (MQ=255) aCGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGtt < 1:4282572/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tttCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGt > 2:2410626/1‑140 (MQ=255) tttCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGt > 2:5948615/1‑140 (MQ=255) cTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGa > 2:4782301/1‑140 (MQ=255) gTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGAtt < 2:3316144/140‑1 (MQ=255) ttAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTc < 2:2227701/140‑1 (MQ=255) tAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTcc > 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aGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCg < 1:7825710/140‑1 (MQ=255) aGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCg < 1:5451631/140‑1 (MQ=255) aGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCg < 1:566339/140‑1 (MQ=255) aGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCg < 1:10833630/140‑1 (MQ=255) aGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCg < 1:45690/140‑1 (MQ=255) aGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCg < 1:1072893/140‑1 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tCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACggcggc < 2:745133/140‑1 (MQ=255) cGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGcc > 2:6704214/1‑140 (MQ=255) cATATTCGAGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCCGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGtt < 2:6132118/140‑1 (MQ=255) tatTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTg > 2:6335426/1‑140 (MQ=255) ttCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTTGt < 2:9808581/140‑1 (MQ=255) cGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCt < 1:10501532/140‑1 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cacacaACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAg > 1:10283887/1‑140 (MQ=255) acacaACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGt > 2:10579751/1‑140 (MQ=255) aacaCTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCg > 2:2140431/1‑140 (MQ=255) aacaCTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCg > 1:7638199/1‑140 (MQ=255) acTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTa > 2:857003/1‑140 (MQ=255) acTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTa < 1:3192097/140‑1 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(MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgc > 2:412695/1‑140 (MQ=255) cgATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgc > 2:10852206/1‑140 (MQ=255) gATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgcg < 2:2560473/140‑1 (MQ=255) gATATGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCAcgcgcg < 2:4452880/140‑1 (MQ=255) atatGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGt < 1:7882355/140‑1 (MQ=255) tatGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTg > 1:2621383/1‑140 (MQ=255) tGCGCAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGc > 1:1973019/1‑140 (MQ=255) gcgcAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGcc > 1:9094254/1‑140 (MQ=255) cgcAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACCAAAACTCCACGCGCGTGGccc > 2:717027/1‑140 (MQ=255) cAACGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCaa < 1:7719644/140‑1 (MQ=255) aCGCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATg < 1:300284/140‑1 (MQ=255) gCCCAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATggg > 1:6770575/1‑140 (MQ=255) ccAGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGc < 2:5597507/140‑1 (MQ=255) aGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTg > 2:1748089/1‑140 (MQ=255) aGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTg > 2:9321843/1‑140 (MQ=255) aGCGTTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGGTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGACGTGGCGGTAAGCTCACAAAAACTCCACGCGCGGGGCCCACTGGGGCTg > 2:5794380/1‑140 (MQ=255) | GTATGACGATGAGTTTCTGTCATTAGATTTGAACGTCAAAATCGTCAGCGATCTTGACGATGCCATCGCCCATATTCGTGAACACGGCACACAACACTCCGATGCGATCCTGACCCGCGATATGCGCAACGCCCAGCATTTTGTTAACGAAGTGGATTCGTCCGCTGTTTACGTTAACGCCTCTACGCGTTTTACCGACGGCGGCCAGTTTGGTCTGGGTGCGGAAGTGGCGGTAAGCACACAAAAACTCCACGCGCGTGGCCCAATGGGGCTG > NZ_CP025268/261479‑261752 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |