| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,179,025 | A→G | I38T (ATC→ACC) | cpdA ← | 3',5'‑cyclic‑AMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,179,025 | 0 | A | G | 99.8% | 1796.6 / NA | 515 | I38T (ATC→ACC) | cpdA | 3',5'‑cyclic‑AMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (193/320); minor base T (0/1); total (193/322) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 550 total aligned reads displayed.
ACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACG > NZ_CP025268/3178889‑3179161 | aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 1:6824758/140‑1 (MQ=255)aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 2:6096602/140‑1 (MQ=255)aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 2:7024119/140‑1 (MQ=255)aCTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGgtgt < 2:4772051/140‑1 (MQ=255) cTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGtt < 2:2958495/140‑1 (MQ=255) ttGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCATGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGttt < 2:8706640/140‑1 (MQ=255) gCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAc < 1:5508417/140‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcc < 2:4916078/140‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcc < 2:3237304/140‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcc < 2:959616/140‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTAcc < 2:3456293/140‑1 (MQ=255) ttCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACa < 2:5470572/140‑1 (MQ=255) aGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAggg < 2:4602088/140‑1 (MQ=255) cGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCt < 2:10464270/140‑1 (MQ=255) aaTGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCg < 2:3786719/140‑1 (MQ=255) aaTGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCg < 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aGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAANTCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgt < 1:5786706/140‑1 (MQ=255) aGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgt < 2:5609919/140‑1 (MQ=255) aGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgt < 2:5849405/140‑1 (MQ=255) aGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgt < 1:10040948/140‑1 (MQ=255) aGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgt < 2:7146001/140‑1 (MQ=255) ccGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCa > 2:3630548/1‑140 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1:588826/140‑1 (MQ=255) agGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAgg < 1:2865035/140‑1 (MQ=255) gATTGATCCTGCGCTAACTCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTg < 1:9214135/140‑1 (MQ=255) gATTGATCCTGCGCTAACTCACCTGTCGCGACAAGCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTg < 2:6874671/140‑1 (MQ=255) gATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCCGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTg < 1:8591100/140‑1 (MQ=255) aTTGATCCTGCGCTAACTCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGa < 1:7904296/140‑1 (MQ=255) ttGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTGCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAg > 2:6788898/1‑140 (MQ=255) ccTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCg < 2:3920002/140‑1 (MQ=255) cTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCgg > 1:1955474/1‑140 (MQ=255) gcgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTa > 1:7306845/1‑140 (MQ=255) cgcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCGTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTaa > 2:2195470/1‑140 (MQ=255) gcTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAAt < 2:1412903/140‑1 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2:2798739/140‑1 (MQ=255) tCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTaa < 1:5197333/140‑1 (MQ=255) tCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGAGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTaa < 2:5087825/140‑1 (MQ=255) ccTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTaaatt > 2:1624213/1‑138 (MQ=255) tGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATcc < 1:3335087/140‑1 (MQ=255) aaTCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTgg < 1:6411013/140‑1 (MQ=255) tCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGcc > 2:8119504/1‑140 (MQ=255) ggTCGAAGTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCa < 1:10469071/140‑1 (MQ=255) gTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCAc < 2:2502591/140‑1 (MQ=255) ctCGAACACGTCCTGGTGAGGCCCACTCGCCGCCAGCCCCGCCGGGTCCCTCGCCCACGAGATCCCCCCTACCAGGGCCTCGAGCCTTGGTGCAAACCGGAGAGAGTCGGTCCTATGGAAAATCCTGACTCTGGCCTccc < 2:1707530/139‑3 (MQ=255) aaTTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTTTGGCCTCAccagc < 1:9330631/140‑1 (MQ=255) aaTTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCAccagc < 1:3751878/140‑1 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gCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTcc > 2:8530380/1‑140 (MQ=255) ccTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCt > 2:10837564/1‑140 (MQ=255) ccTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCt > 1:2257793/1‑140 (MQ=255) ccTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCt > 2:6500989/1‑140 (MQ=255) cTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCtt < 1:1789838/140‑1 (MQ=255) cTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCtt < 1:9786233/140‑1 (MQ=255) cTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCtt < 1:6957941/140‑1 (MQ=255) ctcCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCac > 1:7636134/1‑140 (MQ=255) tcCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCa > 2:8362552/1‑87 (MQ=255) tcCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCacg > 1:1026283/1‑140 (MQ=255) cccAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCacga < 1:1381964/140‑1 (MQ=255) | ACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGATGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAATTTGTAAAATCCTGACTCTGGCCTCACCAGCCAGAGGAAGGGTTAACAGGCTTTCCAAATGGTGTCCTTAGGTTTCACGACG > NZ_CP025268/3178889‑3179161 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |