| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,736,848 | A→G | *393* (TAA→TAG) | xylR → | DNA‑binding transcriptional regulator XylR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,736,848 | 0 | A | G | 99.4% | 1784.9 / NA | 515 | *393* (TAA→TAG) | xylR | DNA‑binding transcriptional regulator XylR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (279/233); minor base T (3/0); total (282/233) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 515 total aligned reads displayed.
TCAACCACCTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAACGAATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGACCTACCCGCCAGGCATGATAAAACGCACCAACAACGCTTCAGGTTCGTAGCTCAACTGC > NZ_CP025268/3736711‑3736983 | tCAACCACCTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAATGCTTATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCg < 1:9586412/140‑1 (MQ=255)tCAACCACCTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCg > 1:6971268/1‑140 (MQ=255)tCAACCACCTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCg > 1:4954422/1‑140 (MQ=255) cAACCACATTGTCGAACACTGAGATATCGCAAATGTGCGTTTATCCATCGCTGCAATATTTCTCCTCTGTTGTTAAAAAAGCATATGACACGACTCCAAAAGAGTATCGCGATGTCAATAGCGAGGTAATGTTGTAGCGa < 2:2449511/140‑1 (MQ=255) aaCCACCTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGat > 1:8981352/1‑139 (MQ=255) aaCCACCTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGat > 1:8575500/1‑139 (MQ=255) ccaccTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCGatga > 2:1102257/1‑137 (MQ=255) ccTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCCAAAGAGTATCGCGAGGTACATAGCGAGGTCATGTGGTAGCG‑Atgatga > 2:2937987/1‑140 (MQ=255) ccTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑Atgatga > 1:3566169/1‑140 (MQ=255) ccTTGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGGTGTAGCG‑Atgatga > 1:7153847/1‑140 (MQ=255) tGTCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGaa > 1:51363/1‑140 (MQ=255) tCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAAtt > 2:7203388/1‑140 (MQ=255) tCGATCAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAAtt > 2:7606521/1‑140 (MQ=255) cAATGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCgg > 2:6853127/1‑140 (MQ=255) aaTGAGATATCGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGc > 1:1002697/1‑140 (MQ=255) 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cGCAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAg > 1:1520865/1‑140 (MQ=255) cAAATGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTcaca < 1:10782120/134‑1 (MQ=255) aaaTGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTa < 1:6474079/140‑1 (MQ=255) aTGTGCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAAc > 2:7811550/1‑140 (MQ=255) tgtgCGGTTATCCATCGCTGCAATATTTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACg < 1:10498315/140‑1 (MQ=255) tgtgCGGTTATCCATCGCTGCAATATCTCTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACg < 1:6663401/140‑1 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ttCTACTCTGATTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGa < 2:6251517/140‑1 (MQ=255) cTACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAAc > 2:1496011/1‑140 (MQ=255) tACTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACg < 2:1803696/140‑1 (MQ=255) aCTCTGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAATAGAGTATCGCGATGTAAATATCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGCTGCGGCGTGACCGc > 2:10297307/1‑140 (MQ=255) ctctGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGCGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGCG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGcc > 1:7634693/1‑140 (MQ=255) ctGTTTTTAAAAAAGCATATGACACGACGCCAAAAGAGTATCGAGATGTAAATAGCGAGGTCATGTTGTAGAG‑ATGATGAGAATTGTCGGCGTCACATCAGGTAACGCTGCGTGGTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCtt > 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |