| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 4,517,199 | T→C | D465G (GAC→GGC) | fecA ← | Fe(3+) dicitrate transport protein FecA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 4,517,199 | 0 | T | C | 99.6% | 3443.7 / NA | 987 | D465G (GAC→GGC) | fecA | Fe(3+) dicitrate transport protein FecA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (435/548); minor base G (3/1); total (438/549) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.28e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 987 total aligned reads displayed.
CGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGTCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCAAT > NZ_CP025268/4517062‑4517335 | cGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGCCg > 1:2863698/1‑140 (MQ=255) gttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGCCGGACg > 1:9571479/1‑140 (MQ=255) gttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGCCGGACg > 1:4990892/1‑140 (MQ=255) gttCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGCCGGACg > 2:1303673/1‑140 (MQ=255) 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tAAGGGCTTGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCg < 2:7000280/140‑1 (MQ=255) tAAGGGCTTGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCg < 2:3197589/140‑1 (MQ=255) tAAGGGCTTGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCg < 2:2762383/140‑1 (MQ=255) tAAGGGCTTGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCg < 2:8604519/140‑1 (MQ=255) tAAGGGCTTGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCg < 1:8221497/140‑1 (MQ=255) tAAGGGCTTGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCg < 1:8491380/140‑1 (MQ=255) tAAGGGCTTGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCg < 1:1586186/140‑1 (MQ=255) gggCTTGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTgg < 1:6282164/140‑1 (MQ=255) ttGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCa < 1:389675/140‑1 (MQ=255) ttGAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCa > 2:567557/1‑140 (MQ=255) gAGCCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCAAt > 1:7799725/1‑140 (MQ=255) | CGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGATTTTGTCATCCAGATACCAGGCGTGCGCCTCGGTGCCGGAACGCGTATCGCGGTCGTAAGGGCTTGAGTCGGACGGCAACTGCCCGCTGCTGGTGGCGGTGTAGTAACGCATTTCATGCGTTGATTCATTCAAATAGCGATAGCCCACGCCCACTTCGTGCGCGGAAGGGCCGATCATAAAGATCTGGCTGTAGCGTGGCTCAAT > NZ_CP025268/4517062‑4517335 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |