Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 390,790 | T→C | pseudogene (1489/1527 nt) *388* (TAA→TAG) |
CXP41_RS02030 → CXP41_RS02035 ← |
outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein IS3‑like element IS3 family transposase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 390,790 | 0 | T | C | 99.6% | 1654.9 / NA | 486 | pseudogene (1489/1527 nt) *388* (TAA→TAG) | CXP41_RS02030 CXP41_RS02035 | outer membrane autotransporter barrel domain‑containing protein IS3‑like element IS3 family transposase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (289/194); minor base A (2/0); total (292/194) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 486 total aligned reads displayed.
GTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCTTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACGCCGTTGCCCGCATTA > NZ_CP025268/390653‑390902 | gTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTa < 1:5188670/140‑1 (MQ=255) gTTCTTCGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTa < 1:7657828/140‑1 (MQ=255) tcttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAg > 1:9993318/1‑140 (MQ=255) tcttcGCTGAACATTGGTGAAGATGGCTACGTTGATACCGATCATCTGACTATTAACTCCTACAGTACTGTTGCGTTGACCGAATCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAg < 2:9024231/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGGCTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata < 2:3237616/140‑1 (MQ=255) aTCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata < 1:4309656/140‑1 (MQ=255) aTCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata > 2:2570552/1‑140 (MQ=255) aTCTACTGGGTGGGGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGata < 1:1162534/140‑1 (MQ=255) ggtgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTaaa < 2:5392463/140‑1 (MQ=255) gtgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAc < 1:5088399/140‑1 (MQ=38) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAg < 2:10251073/47‑1 (MQ=255) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:3743838/1‑139 (MQ=37) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 1:7426208/1‑139 (MQ=37) tgggGGGCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAAca > 2:5128392/1‑139 (MQ=37) tgggGGGCTGATTGATCCTACACAAGTAATATTGAAAAATGCCTAAGCTATGTTCTTCTTATCAAATTTTACCGGAATTAGGCCGCAACAACAACTGTGAAGCCCCCAACGATTTTAATAACATTAGATAAAAATAAAca > 2:8228489/1‑139 (MQ=255) ggggCTGATTGATCCTACCCACGTAATATGGACACAGGCCTAAGCGAGGTTCTTGTTTTCAAATTGTTCCGGACTGAGGCCGCCACACCAACTGTGCCGCCGCCACCGATTGTAATCACATTCGATATAATTAAACACCg > 1:5645636/1‑140 (MQ=17) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |