Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 479,384 | T→C | *125* (TAA→TAG) | tomB ← | Hha toxicity modulator TomB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 479,384 | 0 | T | C | 99.8% | 3695.5 / NA | 1059 | *125* (TAA→TAG) | tomB | Hha toxicity modulator TomB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (507/550); minor base A (2/0); total (509/550) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 1059 total aligned reads displayed.
TATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTTTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCC > NZ_CP025268/479247‑479519 | cTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCTGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACa > 2:415574/1‑140 (MQ=255) gATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAg > 1:327365/1‑140 (MQ=255) gATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAg > 2:10520232/1‑140 (MQ=255) gATAATTCGTATTTATTATTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTCTAACAAg > 1:139099/1‑140 (MQ=255) 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TATCTGATAATTCGTATTTATTTTTCTCGATAACACGCTCCAGCGTGTCAATTGTCTGGCAACGACGTAAACGCATTAAATAATCGGTTTTCGTTAAAGGTTTTTCGGACATACTTCTACCTATGGTTGTAATAATTTTAACAAGATAAACTCGCAGGATTCTCTTTCGTCGCATTGACAAAACAACGGAATAGTCGATTACCTGACTTCCGCCATTTCTGAAGATCCTGCATATTAATACCATAACTACTGAACAACATAAAGGTGTCATCC > NZ_CP025268/479247‑479519 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |