Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 633,795 | 2 bp→GC | [ybdL]–[ybdM] | [ybdL], [ybdM] |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 633,795 | 0 | A | G | 99.7% | 1235.5 / NA | 359 | *387* (TAA→TAG) | ybdL | methionine‑oxo‑acid transaminase |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 633,796 | 0 | T | C | 99.2% | 1234.8 / NA | 359 | *210* (TAA→TAG) | ybdM | ParB/RepB/Spo0J family partition protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (149/207); minor base G (3/0); total (152/207) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.50e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 359 total aligned reads displayed.
AGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAATTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCA > NZ_CP025268/633662‑633929 || aGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTAttt < 1:469915/140‑1 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa > 1:7523965/1‑140 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:8907646/140‑1 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 2:10810072/140‑1 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:3947688/140‑1 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:3123105/140‑1 (MQ=255) gAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTGGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTaa < 1:3692136/140‑1 (MQ=255) aGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGGGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCCAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAAc > 2:4962251/1‑140 (MQ=255) cGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTc > 1:7729305/1‑140 (MQ=255) cGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCGTTAGCTATTTAACCGTc > 2:6135425/1‑140 (MQ=255) cGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAg > 1:832331/1‑140 (MQ=255) cGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAg > 2:10209743/1‑140 (MQ=255) cGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAg > 1:10803529/1‑140 (MQ=255) gTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAgg < 2:5821285/140‑1 (MQ=255) aGCGGCGCTTCCGCTGTCGGTGTTTAGCGCCGATCCCTCCCCACATACACTGAGTCGTCTATGTTTTGCCCAGAAGGACTCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGgcg < 2:1982044/140‑1 (MQ=255) aGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGgcg < 1:1301405/140‑1 (MQ=255) aGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGgcg < 2:2704247/140‑1 (MQ=255) gcgATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCggg < 2:2136691/140‑1 (MQ=255) gcgATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCggg < 1:5019026/140‑1 (MQ=255) aTTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGACTCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAat > 1:7892653/1‑140 (MQ=255) aTTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGact > 2:3129695/1‑138 (MQ=255) cTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGAc < 1:9838630/140‑1 (MQ=255) cTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGAc > 2:5517657/1‑140 (MQ=255) tCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGt < 1:6951717/140‑1 (MQ=255) tCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGt < 2:1671780/140‑1 (MQ=255) gtTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCa < 2:8388427/140‑1 (MQ=255) gtTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCa < 2:8973492/140‑1 (MQ=255) ttttGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCaa < 2:2780211/140‑1 (MQ=255) ttttGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCaa < 2:7245880/140‑1 (MQ=255) ttttGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATACGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCaa < 2:6660144/140‑1 (MQ=255) ttGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAaac < 2:3202251/140‑1 (MQ=255) gcggcgGTCCCTTCCCAGTGGACCTGATTCGGCGCGGGTGTGGGATGAAGGAATCGACGTTGCTGGCGGCTGCTGGACGCGTGCGCCGGCTGTTGGGATGTAACCGTGCGGGCGGGGGAATAGTGTCGGGGGGCAagcag > 2:1847519/1‑139 (MQ=255) gcgcCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAaacac > 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< 1:5559972/135‑1 (MQ=255) cGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAActct > 1:5662336/1‑140 (MQ=255) aTCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTg > 1:1757584/1‑140 (MQ=255) cccTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCa < 2:5173711/140‑1 (MQ=255) cccTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCa < 1:10043565/140‑1 (MQ=255) cccTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCa < 1:8753242/140‑1 (MQ=255) cccTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCa < 1:4496389/140‑1 (MQ=255) ccgtCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAg < 1:961273/137‑1 (MQ=255) cTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAgg < 1:8207552/140‑1 (MQ=255) cTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAgg < 1:10489749/140‑1 (MQ=255) ttCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGc < 1:2053042/140‑1 (MQ=255) cccACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCg < 2:4215133/140‑1 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2:9623777/140‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTttatta < 1:5420315/140‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTttatta < 2:1355847/140‑1 (MQ=255) aCGCCTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTttatta < 2:2518522/140‑1 (MQ=255) ccTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCg > 1:9412486/1‑140 (MQ=255) cTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGt < 1:7986482/140‑1 (MQ=255) cTGCGCCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGt > 1:2846740/1‑140 (MQ=255) tGCGCCAGCTTTAGCTATTTACCCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtc < 2:937338/140‑1 (MQ=255) gcgcCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGGCGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtcc > 1:5149528/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtcc < 1:2200265/140‑1 (MQ=255) gcgcCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTGCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGACAATTTTATTATCGtcc > 2:7737669/1‑140 (MQ=255) gcgcCAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTACAGGCGCAGCACTTCTTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTAGCCAATATTATTATCGtcc > 2:3971033/1‑140 (MQ=255) ccAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtcccat < 2:2001339/140‑1 (MQ=255) cAGCTTTAGCTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtcccatc < 1:4122526/140‑1 (MQ=255) gCTTTAGCTATTTCACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGtcccatccc < 1:6419623/140‑1 (MQ=255) || AGGAGCACGGCGTAGCGGCGATTCCGCTGTCGGTGTTTTGCGCCGATCCCTTCCCACATAAACTGATTCGTCTCTGTTTTGCCAAGAAGGAATCGACGTTGCTGGCAGCAGCTGAACGCCTGCGCCAGCTTTAATTATTTAACCGTCCAGGCGCGGGAATATTGACGGTCGGCAAACAACTCTTGCAGGCCGTTAATTTGCTTCAGGCGCAGCACTTCGTCGCTGTCCATTCCCAGCTCTTTGCCAATTTTATTATCGTCCCATCCCA > NZ_CP025268/633662‑633929 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |