Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NZ_CP025268 | 1,292,822 | 2 bp→GG | noncoding (36‑37/132 nt) | CXP41_RS06830 ← | RtT sRNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,292,822 | 0 | A | G | 88.7% | 698.7 / 105.0 | 412 | noncoding (37/132 nt) | CXP41_RS06830 | RtT sRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/19); new base G (104/248); total (135/277) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.01e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
* | NZ_CP025268 | 1,292,823 | 0 | A | G | 99.3% | 1046.0 / NA | 412 | noncoding (36/132 nt) | CXP41_RS06830 | RtT sRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (133/275); minor base T (1/2); total (135/277) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 412 total aligned reads displayed.
TAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCG > NZ_CP025268/1292688‑1292955 || tAGCTCGGAGTCAGAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGa < 2:10316889/140‑1 (MQ=17) tAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGa < 1:7207025/140‑1 (MQ=255) gcggattcgcttgagagttcagggacttttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGaa < 2:10667938‑M1/104‑1 (MQ=255) aGCTCGGAGTACCAGGTTTTGATTATTAAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGaa < 1:7613998/140‑1 (MQ=17) 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tattATGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:7736891/138‑1 (MQ=255) attTAAGTAAGCGATGGTGGTGGGTGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:10006658/140‑1 (MQ=11) attTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:1806169/140‑1 (MQ=255) attTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGACCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTggg < 1:10670843/140‑1 (MQ=14) attTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTggg < 1:501746/140‑1 (MQ=14) acttttgaaagtGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg > 2:3371373‑M1/13‑140 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1:4828660/140‑1 (MQ=14) gCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACt < 1:10059896/140‑1 (MQ=14) gCAACGCCCTCTCGCTGGCGCTCCAGTCGAACCCTGGTCGAAGCTTCTCATCCGGCCCCGCTTGGCCAGAATATTTGATTCCGGATGCGTTTGAGAACTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGCTGGGGGAAGGATTACt < 2:9185620/140‑1 (MQ=255) atcGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCCTCCTTCCCCGCTTGGGCAGAAGATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCa < 2:3558186/138‑1 (MQ=14) aaCGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCa < 2:4794185/140‑1 (MQ=14) gCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGGTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAgcg > 1:286372/1‑140 (MQ=14) tctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCgggg < 2:2838577/96‑1 (MQ=11) tctcGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTGGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgc < 1:2187540/140‑1 (MQ=14) ctcTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATACTTACACGATTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCTGGGCTTTTGAAAGTTATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgcg < 1:6795374/138‑1 (MQ=14) cGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTgcgcg < 1:4445894/140‑1 (MQ=14) cTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCt > 2:1413950/1‑140 (MQ=14) cTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGAGCTGCGCGCt > 1:8502215/1‑140 (MQ=14) cggCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGGGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCtt < 1:5360609/139‑1 (MQ=14) ggCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAATCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATAGTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTtcgctcctc < 1:244432/140‑6 (MQ=14) ggCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc < 2:9702449/140‑1 (MQ=14) gacgcACGAGCCGAACCTGAGCCGACGCTTCGACTCCTCCCCCGGATTGGCAGATGATTATATTGCGGATTCGCTTGAGCTTTACCTGACTTTAGTAAGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTc < 1:1379024/138‑1 (MQ=2) gcgcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 1:9709496/140‑1 (MQ=14) gcgcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCg < 1:7692953/140‑1 (MQ=14) gcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCAGCATGGGCAGAATCTTTGATTGCGGATTCGTTAGAGAATTCCGGGGCTGTGGAAAGTGATGGGGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGcc > 2:6962896/1‑140 (MQ=14) cTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTggggg > 1:4586702/1‑110 (MQ=14) tcaagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCt < 1:3246395/134‑1 (MQ=14) gAGCCGACCCGTCGTCGAAGCTTCGCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGCATAGTTTATTGCGGAGGCGCTTGAGTGTTCAGGGCCTTTTGAAAGTGCTGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGGGCGCTTCGGCCTTc < 2:8420697/140‑1 (MQ=2) ccgCCGAACCCTAGACGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAGGGGCAGACTAATTGATTGCGGAGTCGCTTGAGACTACAGCTACATTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGTATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 1:6050489/138‑1 (MQ=11) aagtcGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTc < 1:4499793/136‑1 (MQ=14) gcataaCCTTAGTCGAAGCTTCTAATCCTTCACCGAATGGGCAGAATATTTTATTTCTGATTCGCTTGAGAGTTAAGGGACTTTTGTAAGTGATGGTTGTTGGGGAAGGATTACTCAGCGATGCGAGCTTCGCCCTTCgg > 2:10506676/5‑140 (MQ=11) aaCCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGATTGAGAATTCCGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg < 2:7488618/140‑1 (MQ=14) aaCCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCg < 2:2032191/140‑1 (MQ=255) || TAGCTCGGAGTAACAGGTTTTGATTATTTAAGGAAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCG > NZ_CP025268/1292688‑1292955 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |