Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,936,791 | (G)6→5 | pseudogene (1097/1180 nt) | purT → | formate‑dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,936,786 | 0 | G | . | 99.2% | 1190.4 / 1.1 | 251 | pseudogene (1092/1180 nt) | purT | formate‑dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base . (99/149); total (100/151) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 288 total aligned reads displayed.
TGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGCCCGATCCTCGAT > NZ_CP025268/1936648‑1936914 | tGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTgg > 1:547874/1‑140 (MQ=255) tGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTATGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATGCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGAAGCCGTCGTCTgg > 2:4675744/1‑140 (MQ=255) ggTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggg < 1:3734801/140‑1 (MQ=255) gTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTgggg < 2:1741201/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTCTTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 1:524794/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCATTCAGATTGTCACGTTTAATAATGTGCAGGATGCAGTAGTCGTAGATTGGCAGCTTCGTATATTTGGTAAGCTGGAAATTGAGGGCATCCGTCGTCTggggg < 2:697211/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg > 1:1485078/1‑140 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 2:458334/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 2:3532476/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 1:4112792/140‑1 (MQ=255) tCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTggggg < 2:2331107/140‑1 (MQ=255) ccTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTgggggt > 1:3343172/1‑139 (MQ=255) cTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTgggggtg < 1:1227192/140‑3 (MQ=255) gggCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCGGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCa < 2:2877665/138‑1 (MQ=255) cAGCTTCTGCTGTTATTCTGCCACACCTGCCCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCa < 2:524597/140‑1 (MQ=255) cAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCa < 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gCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACt < 1:4023352/140‑1 (MQ=255) gCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACt < 2:1579684/140‑1 (MQ=255) gCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACt < 2:2832817/140‑1 (MQ=255) gCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACt < 1:2371402/140‑1 (MQ=255) gCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACt < 1:4970567/140‑1 (MQ=255) ccTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACt < 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tCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGc > 1:644587/1‑140 (MQ=255) tCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGc > 1:3673176/1‑140 (MQ=255) tCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑CGGGGTGGCACTGGc > 2:2512377/1‑140 (MQ=255) cTGCCGTTATTCTGCAACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCt < 1:2702031/140‑1 (MQ=255) gCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTAc < 1:3084771/140‑1 (MQ=255) ttATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCa < 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tGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTaa > 1:3240862/1‑140 (MQ=255) tGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTaa < 1:1990222/140‑1 (MQ=255) tGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTaa > 1:2412484/1‑140 (MQ=255) tGCCGGACGCGCAGGTATGCAGATTCGTGTATATGGTAAGGCGGAAATTGATGGCAGCTGTCGCCT‑GGTGGTGCCACTGCCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGCAGCACGCCGCCGGACAGGTat < 2:4306639/140‑2 (MQ=255) ccGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGGGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACggggcaaa > 2:101865/1‑135 (MQ=255) tAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTa < 1:1521311/140‑1 (MQ=255) tAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTa < 1:3188596/140‑1 (MQ=255) tAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTa < 2:3412039/140‑1 (MQ=255) tAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTa < 2:2011385/140‑1 (MQ=255) tAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTa < 1:355199/140‑1 (MQ=255) tAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTa > 1:723262/1‑140 (MQ=255) ggCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACa < 1:3926405/140‑1 (MQ=255) tCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGCGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGCTAAACCCGGCaaa > 2:3060704/1‑140 (MQ=255) tAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACaa > 2:2622417/1‑140 (MQ=255) tAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACaa > 2:4358945/1‑140 (MQ=255) tAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACaa > 1:1668124/1‑140 (MQ=255) tAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACaa > 2:620161/1‑140 (MQ=255) aaGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACaaa < 1:3654705/140‑1 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGATGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 1:2843345/140‑1 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 1:3450506/140‑1 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 2:1402869/140‑1 (MQ=255) gAAATTGATGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGcc < 1:1037764/140‑1 (MQ=255) aTGGCAGCCGTCGTCT‑GGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGCAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAACCCGCTACAAAAATGCCCGATCCt > 2:3994775/1‑140 (MQ=255) | TGGTCCTGCAGCTTCTGCCGTTATTCTGCCACAACTGACCAGTCAGAATGTCACGTTTGATAATGTGCAGAATGCCGTAGGCGCAGATTTGCAGATTCGTTTATTTGGTAAGCCGGAAATTGATGGCAGCCGTCGTCTGGGGGGTGGCACTGGCTACTGCAGAGAGTGTTGTTGACGCCATTGAACGCGCGAAGCACGCCGCCGGACAGGTAAAAGTACAGGGTTAAACCCGGCAAAAAAACGCTACAAAAATGCCCGATCCTCGAT > NZ_CP025268/1936648‑1936914 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |