| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,690,360 | (C)5→6 | pseudogene (1047/1403 nt) | fumC ← | class II fumarate hydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,690,355 | 1 | . | C | 96.9% | 1167.5 / 26.3 | 360 | pseudogene (1052/1403 nt) | fumC | class II fumarate hydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/6); new base C (167/182); total (172/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 377 total aligned reads displayed.
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< 1:610954/140‑1 (MQ=255) gcgcACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGC‑GCC‑C‑C‑CCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACtgtg < 2:1961743/140‑1 (MQ=255) gcgcACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGC‑GCC‑C‑C‑CCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACtgtg < 1:1193077/140‑1 (MQ=255) cgcACCGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGC‑GCC‑C‑C‑CCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTgtgt > 1:5005014/1‑140 (MQ=255) cGATTGCAGGAAATTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTTCAAAGTTACCGGAAGC‑GCC‑C‑C‑CCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACAGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGt < 2:3876206/140‑1 (MQ=255) aTTGCAGGAAGTTGTGGATCACCATTGGACGGAAGACGTTCAGTGCAAAGGTACCGGAAGC‑G‑CAC‑A‑CCATGTTGATCGCCACGTCGTTCCCCATCACCTGACGGCAGAGCATGGTTAATGCCTCACACTGTGTTGGGTTc > 2:3229520/1‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |