Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 183,437 | +A | coding (1144/1212 nt) | cdaR → | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 183,437 | 1 | . | A | 99.0% | 1156.3 / ‑5.7 | 310 | V382M (GTG→ATG) | cdaR | DNA‑binding transcriptional regulator CdaR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); major base A (173/132); minor base C (3/0); total (177/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 328 total aligned reads displayed.
AACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑G‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTT > NZ_CP025268/183300‑183570 | aCCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTg‑gatg < 1:299381/140‑4 (MQ=255) ccGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTg‑gatga < 1:2720654/140‑5 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTg‑gatgaa < 2:4832248/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTg‑gatgaa < 1:28010/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTg‑gatgaa < 1:5005128/140‑6 (MQ=255) cGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTg‑gatgaa < 2:2138441/140‑6 (MQ=255) cTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAaga > 1:3537746/1‑140 (MQ=255) cTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAaga > 2:2086053/1‑140 (MQ=255) tGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAagag < 2:3391073/140‑1 (MQ=255) gCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCg < 2:633882/140‑1 (MQ=255) aaCGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGt < 1:461880/140‑1 (MQ=255) aaCGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGt < 2:2331769/140‑1 (MQ=255) aaCGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGt < 1:16763/140‑1 (MQ=255) aaCGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGt < 1:3177214/140‑1 (MQ=255) cAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGtt < 1:474908/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTa < 1:837931/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTa < 2:3457116/140‑1 (MQ=255) aaaGGCGTTGTTTAGTCATCGTAATACCCCGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGATAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTa < 2:3647551/140‑1 (MQ=255) tgttTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGATTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTaa < 1:2873484/140‑1 (MQ=255) tATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGtt < 1:4354824/140‑1 (MQ=255) tCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAg > 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tAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGCGCCATTTTGATGACAGGTTGCTGCTATATGTGGCGTTTCAACTGCC‑TGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 1:3157129/140‑1 (MQ=255) tAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGGATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGgcggcg < 1:1846741/140‑1 (MQ=255) tACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTg > 2:1900890/1‑140 (MQ=255) ccTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCt > 1:1022835/1‑140 (MQ=255) ccTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCt < 1:3366335/140‑1 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGcaca > 1:2437642/1‑140 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 1:3503688/1‑140 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 1:1509983/1‑140 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 1:4929892/1‑140 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 1:4396094/1‑140 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 2:2624130/1‑140 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 2:4437317/1‑140 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 1:4098421/1‑140 (MQ=255) tGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGAGCTTGATTTTGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCa > 2:1309485/1‑140 (MQ=255) ggAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCAt < 2:1007403/140‑1 (MQ=255) gAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCAtt > 2:1779402/1‑140 (MQ=255) gAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCAGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAGGGTTGAGGCGTCGCTGGCTCAtt > 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tCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGaa < 1:2093568/140‑1 (MQ=255) tCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGaa < 2:4669883/140‑1 (MQ=255) tataTCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGATAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAggg < 2:4757798/140‑1 (MQ=255) tatCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTTTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGtt > 1:1983309/1‑139 (MQ=255) tatCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTa > 2:4919169/1‑140 (MQ=255) tatCGGAACTGACCGGCCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGCTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGGTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTa < 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cTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGaa > 2:3324931/1‑140 (MQ=255) aCCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGc > 1:5168654/1‑140 (MQ=255) aCCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGc > 1:2579973/1‑140 (MQ=255) aCCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGc > 2:3000269/1‑140 (MQ=255) gCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGaa > 1:4011647/1‑140 (MQ=255) aTTTGGGCAATTTTTATGACAGGTTGCTGCTGTATGTTGCGTTACAACTG‑GCTGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAAc > 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1:2500159/140‑1 (MQ=255) tATGTGGCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGtttt > 1:1298100/1‑140 (MQ=255) gggCGTTACAACTG‑GATGAAGGGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTAATTCCGCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAAATAACCGTCAGTGCGGGATTATTTCCGCGTTAGTTTTTCCa > 2:4316484/2‑140 (MQ=255) gCGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGa > 1:3737229/1‑140 (MQ=255) cGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTCTGCGTTAAGGTTGAGGCTGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGGCCGGAGGGTAGTTGGGAATTCCCGAATTAATCCTCAGTTCGGGATGATTTACGCGTTAGttttttatgat > 2:629061/1‑134 (MQ=255) cGTTACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGAt < 2:3758251/140‑1 (MQ=255) 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tACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 2:2688928/1‑140 (MQ=255) tACAACTG‑GATGAAGAGCGGTAGGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCgg > 1:516770/1‑140 (MQ=255) | AACCGCTGGCAACGTCAAAGGCGTTGTTTATTCATCGTAATACCCTGGAGTATCGGCTTAATCGTATATCGGAACTGACCGGGCTTGATTTGGGCAATTTTGATGACAGGTTGCTGCTGTATGTGGCGTTACAACTG‑G‑TGAAGAGCGGTAAGTTATGCGTTAAGGTTGAGGCGGCGCTGGCTCATTCCCCTCAGCCCGAAGGGTAGAGGGGAATGCCCGAATTAACCGTCAGTTCGGGATTATTTACGCGTTAGTTTTTCCAGATCGGCTT > NZ_CP025268/183300‑183570 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |