| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 2,786,415 | +C | pseudogene (334/4580 nt) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 2,786,411 | 1 | . | C | 96.3% | 1061.4 / 29.7 | 324 | pseudogene (338/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/7); new base C (151/161); total (156/168) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 343 total aligned reads displayed.
TACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑C‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786275‑2786545 | tACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑c < 1:4827996/140‑1 (MQ=255)tACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑c < 1:1446221/140‑1 (MQ=255) caTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑c‑ccgtca < 1:544670/140‑6 (MQ=255) caTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c‑c‑c‑ccgtca < 1:4390313/140‑6 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATg > 1:4132419/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATg > 1:1720169/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATg > 1:1688671/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATg > 1:1416991/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATg > 2:448852/1‑140 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCCTACCTGTTGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATg > 2:4712640/1‑140 (MQ=255) tGAGTATTCCATTCGCCCTCCCCCCCTCTCCGCGTGAAGCCCCGCCCTTAATTGTCGTCCCATTGCTGATACCCCCTTTATCAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAAtt < 2:398724/140‑1 (MQ=255) tGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAAtt < 1:1803573/140‑1 (MQ=255) tGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAAtt > 2:2371470/1‑140 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACt > 1:3179528/1‑140 (MQ=255) aTTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATCAACGTCCTGATTGCCCCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTg < 2:3532990/140‑1 (MQ=255) ttCCATTCGCACTGCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGCCGTTCCATTGCTGATGCCCCCTTTATAAACGTCATGATTGCAACTCTCGATTGTAGTACATGTGGAAAT‑A‑C‑C‑C‑CAGTATTGAATTGGCTGt > 2:2642526/1‑140 (MQ=255) tCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTc > 1:2505671/1‑140 (MQ=255) ccATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCt > 1:2630928/1‑140 (MQ=255) aatCGCACTCCCTACCTCTACGCGTAAAGCACCGCCCTTAACTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGCATGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGc < 2:2050901/138‑1 (MQ=255) aTTCGCCCTCCCTCCCTCTACGCGTGACGCACCGCCCTTAATTGTCATTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGc < 2:4304706/140‑1 (MQ=255) aTTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTGATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGGCTGTCTGc < 1:3591871/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 1:2521051/140‑1 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa > 2:1655829/1‑140 (MQ=255) tCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCa > 1:2135719/1‑140 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCAcc > 2:5063859/1‑140 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCAcc > 1:110058/1‑140 (MQ=255) ccctccctCTTTGCGTGAAGCACGGGCGTTAATGGTCGCGCCACTGATGATACCCCCTTTATAAACGTACTGATGGCCAATCTCGATGTTCGTAGCTGTGGAAATGA‑C‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGGCTGCCAGCCTTaa > 2:4130012/1‑140 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 2:1424717/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:755929/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 2:4384162/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:5068038/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa > 1:1789003/1‑140 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:2329161/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:303901/140‑1 (MQ=255) cttccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTACTTGTCGTTCCATTGCTGATCCCCCCTTTATATACGTCCTGATTGCCTCTCTCGATTGTTGTACCTTTGGAAAT‑A‑C‑C‑C‑CTTTCATTTATTGACTGTCTGCCTCCGTTAAt < 2:1953380/138‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:1007435/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:1188031/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:3122330/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:2844846/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:3948270/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:4628697/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTAACTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:3099938/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGGCCTGATGGCCACGCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:4523316/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCATTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑C‑CAC‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:1780000/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGCGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:3403766/140‑1 (MQ=255) tACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtat > 2:2590123/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCGTGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:5136516/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 2:4910697/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 2:3876281/1‑140 (MQ=255) tGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGcc < 1:4762681/117‑1 (MQ=255) tGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGcc > 2:4762681/1‑117 (MQ=255) tGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAg > 2:2478827/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 2:4625586/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 1:2236441/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCGTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGGCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTGGTATTATTAGcc > 2:375981/1‑140 (MQ=255) gCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTg > 1:3617841/1‑140 (MQ=255) gCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTg < 1:3859575/140‑1 (MQ=255) aCCGCCCTTAATTGTCTTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGcc < 1:2861851/140‑1 (MQ=255) aCCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGcc < 2:1544178/140‑1 (MQ=255) aCCGCCCTTAATTCTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATACACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑CAC‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGcc < 2:1346999/140‑1 (MQ=255) aCCGCCATTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGTTTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGcc < 2:187511/140‑1 (MQ=255) gCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCca > 1:3732300/1‑140 (MQ=255) tAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACaaaa < 2:728288/140‑1 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTCTAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 1:2344870/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 1:1284807/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 2:2219604/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 2:5198147/1‑140 (MQ=255) cGTTGCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTAt < 2:1660627/140‑1 (MQ=255) gTTCCATTGCTGCTACCCCCTTCATACCGTTCCTGCTTCCCCCTCTCGATCATCGTACCTGTGGCAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCTCCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTTCCCCACAAAATTTTTATg < 2:646419/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa > 2:2316297/1‑140 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑TCC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:5031797/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:5202346/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 2:3421241/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:4353529/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:3876281/140‑1 (MQ=255) ttGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTcc < 2:1142488/140‑1 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc > 2:3300472/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc > 1:2721250/1‑140 (MQ=255) aTACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATc > 1:864629/1‑140 (MQ=255) tataAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATaca > 2:2995055/1‑140 (MQ=255) aaCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTCGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAg > 2:1287953/1‑140 (MQ=255) cGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGAt > 1:3499769/1‑140 (MQ=255) gTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGAtt > 1:4262745/1‑140 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCaa > 1:1950425/1‑140 (MQ=255) gATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATa < 1:1928577/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:2708897/140‑1 (MQ=255) cacaCTCGCTTGTCGTACCTGTGGAAAG‑A‑C‑CAC‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATAACTTCCTATATCTTAATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 2:556560/140‑1 (MQ=255) cACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 2:2764586/140‑1 (MQ=255) cACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 2:1416991/140‑1 (MQ=255) cACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 1:12399/140‑1 (MQ=255) aCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTc > 1:4477826/1‑140 (MQ=255) gATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAg > 1:606964/1‑140 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:629767/140‑1 (MQ=255) tACCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCg > 1:1206582/1‑140 (MQ=255) aCCTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGc < 1:3751926/140‑1 (MQ=255) aCCTGTGGAAAT‑A‑C‑C‑CTC‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATCAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGc < 1:2867585/140‑1 (MQ=255) cTGTGGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCa < 2:845418/140‑1 (MQ=255) tgtgGAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCAt < 1:1172657/140‑1 (MQ=255) ggAAAT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGaa > 1:1619759/1‑140 (MQ=255) aaaT‑ACC‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACa < 1:2193705/140‑1 (MQ=255) | TACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑C‑C‑C‑C‑GTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786275‑2786545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |