Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 320,615 | (G)6→7 | intergenic (+482/‑44) | rclR → / → ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 320,609 | 1 | . | G | 96.7% | 586.3 / 11.6 | 181 | intergenic (+476/‑50) | rclR/ykgE | reactive chlorine‑specific transcriptional regulator RclR/heterodisulfide reductase‑related iron‑sulfur binding cluster |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/3); new base G (87/88); total (90/91) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 195 total aligned reads displayed.
AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑G‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAC > NZ_CP025268/320470‑320743 | aGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGt > 2:2563293/1‑140 (MQ=255) aGCGATGCCGAAAGAAATAAAACTAGTTATTGCATGTGACGGTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATAGTTATTGATGAGTGATCGCCCGGt > 2:1521572/1‑140 (MQ=255) cGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g‑g < 1:3698957/140‑1 (MQ=255) cGATGCCGAAAGAAATAAAATTACTTATTGCATTTTACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTACGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g‑g < 2:3925859/140‑1 (MQ=255) tGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g‑gg‑gg > 2:3181524/1‑140 (MQ=255) gCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g‑gg‑ggg < 2:1423262/140‑1 (MQ=255) gCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g‑gg‑ggg > 1:50183/1‑140 (MQ=255) gCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g‑gg‑ggg > 1:3538576/1‑140 (MQ=255) aaagaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑g‑gg‑ggggaaa > 1:568596/1‑136 (MQ=255) agaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACa < 2:4097298/140‑1 (MQ=255) agaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACa > 2:3249195/1‑140 (MQ=255) gaaaTAATTTTATTTATCGCTTTCGACGTTTGGATGAAAAAATATCATTTCTCATACAAATGAGCGCTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAATAGCGCCCTATTTCTTGATGATTGATCCCCCGGT‑G‑GGCGGGAAatat < 2:1769009/140‑1 (MQ=255) gaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACAt < 2:2642692/140‑1 (MQ=255) gaaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACAt < 2:4820022/140‑1 (MQ=255) aaaTAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATc < 1:2286743/140‑1 (MQ=255) tAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATaaa < 1:748519/140‑1 (MQ=255) aGTTTTTGCATTTGACGTTTGGATTACAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑GTGG‑GGGAAACATCGGGCATAAAt < 2:1581875/140‑1 (MQ=255) aGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAAt < 2:3605845/140‑1 (MQ=255) aGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAAt > 1:5081620/1‑140 (MQ=255) aGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAAt < 2:1474440/140‑1 (MQ=255) ttGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCa < 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1:2881341/140‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 1:3817579/140‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 1:1519417/140‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTaa < 2:3202388/140‑1 (MQ=255) gACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTAGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATGTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCCTGAAGTaa < 2:3111317/140‑1 (MQ=255) aCGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAAt < 2:1985123/140‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATgg < 2:1652315/140‑1 (MQ=255) gTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATgg < 1:3170093/140‑1 (MQ=255) ttGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGAGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAg > 1:4889408/1‑140 (MQ=255) tGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCa > 1:4947488/1‑126 (MQ=255) tGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCa < 2:4947331/126‑1 (MQ=255) tGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGt > 1:4231095/1‑140 (MQ=255) 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gtggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAAGGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTAt < 2:1500896/140‑1 (MQ=255) tggtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTAtt > 2:2583690/1‑140 (MQ=255) agggaTGTGGCTAGCGACTTAGACAGGAACGCCATATTTATTGATGCTGGATCCTCCAGT‑G‑GGAGGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGCAGGAAAGGAGTATTAGTTGTGACTGTCAATTTCTTTGTCACATGTAtt > 2:2635358/5‑140 (MQ=255) gtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTgg > 1:1239770/1‑140 (MQ=255) gtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTgg > 1:4599076/1‑140 (MQ=255) gtATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTgg > 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> 2:4224225/1‑123 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGccc > 1:691719/1‑140 (MQ=255) cTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTAGTCACCTGTATTGGTGACGccc > 1:3750746/1‑140 (MQ=255) aGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGGAATGGAGGATTCGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTg > 2:3762464/1‑140 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGa > 1:3048758/1‑140 (MQ=255) gCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGTGG‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGa > 1:1941413/1‑140 (MQ=255) 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2:3217295/1‑140 (MQ=255) | AGCGATGCCGAAAGAAATAAAATTAGTTATTGCATTTGACGTTTGGATGAAAGATTATCATTTGTCATACAAATGAGGGGTGGTATGTTGCTAGCCAATTAAAAAAGAACGCCATATTTATTGATGATTGATCCCCCGGT‑G‑GG‑GGGAAACATCGGGCATAAATGGGCATGAAGTAATGGAGTATTAGTTGTGAATGTCAATTTCTTTGTCACCTGTATTGGTGACGCCCTGAAATCAAGAATGGCACGAGACTCCGTGCTGCTACTGGAAAAAC > NZ_CP025268/320470‑320743 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |