| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 4,449,793 | +T | pseudogene (3757/3779 nt) | tamB → | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 4,449,791 | 1 | . | T | 98.2% | 1641.4 / 14.8 | 445 | pseudogene (3755/3779 nt) | tamB | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (6/2); new base T (232/204); total (239/206) | |||||||||||
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Only 100 of 469 total aligned reads displayed.
GTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGA‑TT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTA > NZ_CP025268/4449652‑4449924 | cGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGA‑tttgc > 1:2698621/1‑137 (MQ=255) cGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGGGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCATGCACT‑GGA‑tttgc > 2:2335979/1‑137 (MQ=255) ttGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGtt < 1:3551818/140‑1 (MQ=255) gCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCg < 1:3616775/140‑1 (MQ=255) ggTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGtt > 1:729339/1‑140 (MQ=255) tcggCAAGTGAAATACTGCGTCGGTAGATTTGACTCTCTAGCAACCCCCACGTTCCGTTCTCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGtttt > 2:601490/4‑140 (MQ=255) tCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGGGTCGGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGtttt > 1:3570251/1‑140 (MQ=255) tCTGCAAGTGAAATACGGCGGGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTAGCGCCGGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGgttt > 2:1360853/1‑140 (MQ=255) ggCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATTT‑ACTCTATCAGTTCGAGGTTTat > 2:2938746/2‑139 (MQ=255) aaGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCaa > 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2:2497755/140‑1 (MQ=255) ggCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAGCAGtt > 2:4875489/1‑140 (MQ=255) ggCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGtt > 1:1032763/1‑140 (MQ=255) ggCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGtt > 1:4249177/1‑140 (MQ=255) ggCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGtt > 2:1170616/1‑140 (MQ=255) ggCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGtt > 2:2729391/1‑140 (MQ=255) ggCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGtt > 2:1734403/1‑140 (MQ=255) gCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAg > 2:804846/1‑137 (MQ=255) gCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTg > 2:502893/1‑140 (MQ=255) gCACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGGTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCGGTTTGCGCCACGAACAGGGCAACAGTCACTAGATGACCAATGCGCAGTGACTGGGCGATTTCAGTATCGAGAACTACCAGTTg > 2:4561705/1‑140 (MQ=255) cACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTTTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCTATTTCAGTATCGATAACTCCCAGTTGt < 2:3619333/140‑1 (MQ=255) cACT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGt < 1:2602879/140‑1 (MQ=255) aCT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGta < 1:4423548/140‑1 (MQ=255) aCT‑GGATTT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGta < 2:4965289/140‑1 (MQ=255) | GTCAGCGGCTATGTATTGCCAGGTCTGCAAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGA‑TT‑GCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTA > NZ_CP025268/4449652‑4449924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |