| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NZ_CP025268 | = 1293101 | 2 (0.010) | 146 (0.570) | 58/234 | 1.0 | 54.7% | noncoding (114/132 nt) | CXP41_RS06840 | RtT sRNA |
| ? | NZ_CP025268 | 1293574 = | 240 (0.930) | noncoding (66/85 nt) | CXP41_RS06855 | tRNA‑Tyr | |||||
Only 100 of 453 total aligned reads displayed.
TGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGCCGCT > NZ_CP025268/1293436‑1293712 | ggcaacgctctctcgctggcgctcgagtcgaaccttggtcgaagcttctcatccttccccgcatgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCg < 2:628753‑M2/2‑1 (MQ=255) gcaacgctctctcgctggcgctcgagtcgaaccttggtcgaagcttctcatccttccccgcatgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGa > 1:1670604‑M2/138‑140 (MQ=255) tgGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGACGGATTCGaa > 2:4551573/1‑140 (MQ=255) tgGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGaa < 2:1165206/140‑1 (MQ=255) cGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGCGTGCCAACTTTCCCCATCTCACCGAAGTTACCACCTCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCg > 1:39762/1‑140 (MQ=255) cGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCg > 2:4857256/1‑140 (MQ=255) ctcgctggcgctcgagtccaaccttcgtcgaagcttctcatccttcaacgcctgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtgctgggggaaggattCGAACCTTCGAAg < 2:1919366‑M2/13‑1 (MQ=255) ctcGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCg > 1:3842582/1‑140 (MQ=255) tttCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGAc > 1:2900652/1‑140 (MQ=255) tttCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGAc < 1:3571024/140‑1 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ccgcatgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc < 1:3600508‑M2/60‑1 (MQ=255) ccgcatgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc < 1:216033‑M2/60‑1 (MQ=255) ccgcatgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc < 1:658414‑M2/60‑1 (MQ=255) ccgcacgggcagaatagttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAc < 2:3998568‑M2/60‑1 (MQ=255) cgcatgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTg < 1:4226662‑M2/38‑1 (MQ=255) cgcatgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAcc < 2:1749158‑M2/61‑1 (MQ=255) cgcatgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAcc < 2:5051163‑M2/61‑1 (MQ=255) cgcatgggcagaatatttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAcc < 1:4760132‑M2/61‑1 (MQ=255) cGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCcca > 1:3377145/1‑140 (MQ=255) gATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccac > 2:2486606/1‑140 (MQ=255) gggcagaatagttaattgcggattcgttgggaagttcagggacttttgaaagtgatggtggtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacc < 1:1299165‑M2/66‑1 (MQ=255) tGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATTACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCccacca > 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2:1336768/140‑1 (MQ=255) gtgAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCgggg < 2:2972722/140‑1 (MQ=255) gtaaaTTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCgggg < 2:1691267/137‑1 (MQ=255) aaTTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGgcgc > 1:2916244/1‑140 (MQ=255) aaTTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGgcgc > 1:759546/1‑140 (MQ=255) aTTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGca < 1:262397/140‑1 (MQ=255) 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2:3390119‑M2/18‑135 (MQ=255) gtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACTACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCaa > 1:980901‑M2/15‑140 (MQ=255) gtgggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCaa > 2:1942280‑M2/15‑140 (MQ=255) ggggaaggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCt > 2:5115257‑M2/12‑90 (MQ=255) aggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGAcgcg > 1:2946899‑M2/7‑140 (MQ=255) aggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGAcgcg < 1:1389275‑M2/134‑1 (MQ=255) aggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGAcgcg < 1:3173353‑M2/134‑1 (MQ=255) ggattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACgcgc < 2:128552‑M2/135‑1 (MQ=255) gattCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCCCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCTAATGACGctcc > 2:919542‑M2/5‑140 (MQ=255) attCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGcgccg < 2:1496032‑M2/137‑1 (MQ=255) attCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGcgccg < 2:2156696‑M2/137‑1 (MQ=255) attCGAACCTTCGAACTCGATGACGGCAGATTTACCGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGcgccg < 1:1871713‑M2/137‑1 (MQ=255) | TGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCGATGAGTGCAAACTTTCACAATCTCACCGAAGTTACCACATCGCTGTGGTGAATTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAATGCTTTTTACTGGCCTGCTCCCTTATCGGGAAGCGGGGCGCATCATATCAAATGACGCGCCGCT > NZ_CP025268/1293436‑1293712 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |