Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,128,613 | A→G | intergenic (‑24/+50) | dinI ← / ← pyrC | DNA damage‑inducible protein I/dihydroorotase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,128,613 | 0 | A | G | 98.6% | 455.2 / ‑3.7 | 139 | intergenic (‑24/+50) | dinI/pyrC | DNA damage‑inducible protein I/dihydroorotase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (89/47); minor base T (2/0); total (91/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
TTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTAGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTG > NZ_CP025268/1128479‑1128749 | ttCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGttat > 1:3209860/1‑140 (MQ=255) aTTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGttattta > 2:5092842/1‑140 (MQ=255) aTTATCAGGAAACGCATACTGAATACGACGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCACTAGCCCCAGCTGGCAATGGCGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCCATGCGCATAATAGCCCCCTGTTGCCTCTACTGGctattta > 2:5093071/1‑140 (MQ=255) tCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGTAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTCAATATACTGGTTATTTATACa < 2:464123/140‑1 (MQ=255) cAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAg < 2:3688314/140‑1 (MQ=255) cAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAg > 1:909593/1‑140 (MQ=255) aaaCGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTaa > 1:1047014/1‑140 (MQ=255) cGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAAt < 2:4132995/140‑1 (MQ=255) aTACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAAc < 2:4913284/140‑1 (MQ=255) tACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAAcc < 1:4954865/140‑1 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(MQ=255) ttCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTAc < 1:381835/140‑1 (MQ=255) ttCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTAc > 1:4168446/1‑140 (MQ=255) ttCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTAc < 1:3205469/140‑1 (MQ=255) ttCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTAc > 1:1549101/1‑140 (MQ=255) cGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGa > 1:5064853/1‑140 (MQ=255) ccagGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTa < 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caccggccAACGGAGCACTGTTCGCTATGGTCAATGCGGTACGCATAACCGCCCCCTGTTGAATATCCTCGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACCGGACGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCg < 2:2855934/133‑1 (MQ=255) cAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCg < 2:4584526/140‑1 (MQ=255) cAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCg < 1:1849639/140‑1 (MQ=255) aGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGt > 1:4541018/1‑140 (MQ=255) aGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGt > 1:4541090/1‑140 (MQ=255) aGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGGAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGt > 2:1086073/1‑140 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gTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGa < 2:4912726/140‑1 (MQ=255) cGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAAt > 1:3371313/1‑140 (MQ=255) cGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAAt > 2:614353/1‑140 (MQ=255) cGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAAt > 1:4466484/1‑140 (MQ=255) gCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATg < 1:513149/140‑1 (MQ=255) tGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGGAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGACTGGCAc > 1:817320/1‑140 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> 1:2848125/1‑140 (MQ=255) aTTCGCCTAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcat < 2:1424966/140‑1 (MQ=255) aTTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcat < 1:2927893/140‑1 (MQ=255) aTTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcat < 1:2927726/140‑1 (MQ=255) ttCGCTTAATATCCTACTGTTGTATAAACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGTAAGCTACTATTTTTATTATTCTATGGACCAGCTTACTGTTTCCCCCGCGATAAATGGCACCAACgtactaac > 2:4049859/1‑134 (MQ=255) ttCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcatc > 1:2266263/1‑140 (MQ=255) ttCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcatc > 1:2581436/1‑140 (MQ=255) tgcGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATGTTTATTGTGTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGtcatc > 2:3249328/3‑140 (MQ=255) aGCCCCCTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGcn < 1:1159459/140‑2 (MQ=255) cccccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGAt > 2:4359618/1‑140 (MQ=255) cccccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGAt > 2:4626817/1‑140 (MQ=255) ccccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATg > 2:3774076/1‑140 (MQ=255) cccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGc > 2:2250779/1‑140 (MQ=255) ccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCt > 2:719718/1‑140 (MQ=255) ccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCt > 2:719676/1‑140 (MQ=255) ccTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCt > 1:728677/1‑140 (MQ=255) cTGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAAGGGTACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCtt < 1:559248/140‑1 (MQ=255) tGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCttt > 1:4366590/1‑140 (MQ=255) tGTTGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGGCAGTGCGATGCttt > 2:2934227/1‑140 (MQ=255) ttGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCa < 1:3745800/140‑1 (MQ=255) tGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAg < 1:1375218/140‑1 (MQ=255) tGAATATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAg < 2:3295114/140‑1 (MQ=255) aaTATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCa < 1:3289093/140‑1 (MQ=255) aaTATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCa > 1:1402995/1‑140 (MQ=255) aaTATACTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCa > 2:3141094/1‑140 (MQ=255) aCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTg > 2:2139900/1‑140 (MQ=255) aCTGGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTg > 2:877806/1‑140 (MQ=255) | TTCATTATCAGGAAACGCATACTGAATACGGCGGGAAAGTTCGCCAGCCAGGGCGTCAATAGCCCCAGCTGGCAATGGAGAAGTTTTCGCTATGGTGACTTCAATTCGCATAATAGCCCCCTGTTGAATATACTAGTTATTTATACAGGTAAAATAACCTAATGACAACAGGAAGCTACGATTTTTATTGTTTAACGGACCAGCGTACCGTTTCCCCGGCGAGGAATGGCACCAGCGTGTCATCAGTCAGTGCGATGCTTTCAGCAACCTG > NZ_CP025268/1128479‑1128749 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |