| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,518,287 | C→T | P218S (CCC→TCC) | ydcT → | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,518,287 | 0 | C | T | 99.4% | 1157.6 / ‑1.1 | 313 | coding (652/1014 nt) | ydcT | ABC transporter ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (151/159); minor base . (1/1); total (152/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTC‑GGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATCCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATA > NZ_CP025268/1518151‑1518422 | gATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTC‑GGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATtccc < 2:3934490/140‑1 (MQ=255)gATGCAGCTGGAACGGAAAAAACTGCAACAGTCTCTC‑GGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATtccc < 1:4159573/140‑1 (MQ=255) aTGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTC‑GGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGGGTGGCGGTGTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATtcccc > 2:2749705/1‑140 (MQ=255) tGCAGGTGGAACTGAAAAAACTGCTACAGTCTCTC‑GGTATGACTTTTATCTTCGTTACGCACGAGCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCcg > 2:243001/1‑140 (MQ=255) 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tgGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCCGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGc > 1:3691471/1‑140 (MQ=255) ggCGGTTTTCAATACTGCACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTTTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCa < 1:2569519/140‑1 (MQ=255) ttCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACggg > 1:384719/1‑140 (MQ=255) ttCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTCTGATGGACTGATGTCAGAGAAACTTTGTGGCATGACggg > 2:1182428/1‑140 (MQ=255) aatGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCtt < 2:1410241/140‑1 (MQ=255) aatGGACGCATTGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCtt < 2:626557/140‑1 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2:805297/1‑140 (MQ=255) ttGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGa < 1:1751022/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 2:253054/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:2718354/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:3740061/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:3095449/140‑1 (MQ=255) tGAGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGAc < 1:3015023/140‑1 (MQ=255) aGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCg > 2:4122402/1‑140 (MQ=255) aGCAGGTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCg > 2:535243/1‑140 (MQ=255) ggTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAAc > 1:1523228/1‑140 (MQ=255) gTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACa > 1:4861179/1‑140 (MQ=255) gTCGATTCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACa > 1:695699/1‑140 (MQ=255) | GATGCAGCTGGAACTGAAAAAACTGCAACAGTCTCTC‑GGTATCACTTTTATCTTCGTTACCCACGATCAGGGCGAAGCGTTATCGATGTCCGATCGTGTGGCGGTTTTCAATAATGGACGCATTGAGCAGGTCGATCCCCCGCGCGATCTCTATATGCGCCCGCGCACGCCGTTTGTTGCCGGGTTCGTTGGTACATCGAATGTTTTTGATGGACTGATGGCAGAGAAACTTTGTGGCATGACGGGAAGCTTCGCCCTGCGACCGGAACATA > NZ_CP025268/1518151‑1518422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |