| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 1,619,609 | T→C | intergenic (‑86/‑15) | sad ← / → yneJ | succinate‑semialdehyde dehydrogenase/LysR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,619,609 | 0 | T | C | 99.6% | 870.5 / NA | 260 | intergenic (‑86/‑15) | sad/yneJ | succinate‑semialdehyde dehydrogenase/LysR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (175/84); minor base G (1/0); total (176/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
ACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCATGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGAAAC > NZ_CP025268/1619473‑1619745 | aCCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGaa > 1:2128149/1‑140 (MQ=255) ccGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATc < 2:2426857/140‑1 (MQ=255) gTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCga < 1:302728/140‑1 (MQ=255) tGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCACGAATCgag > 1:3510716/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 1:5197209/1‑140 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 1:987920/1‑140 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 2:2911934/1‑140 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 2:2566539/1‑140 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 1:4380689/1‑140 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGACTGCGCCAGCTg > 2:3664654/1‑140 (MQ=255) cTTATTCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGGTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAACGTGCATCGCGTGCCGCCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTg > 2:352396/1‑140 (MQ=255) tCACGAATCGAGAATGCTATTGATCTGACCCAACTGGAGATGCTCAACGCTGTTGCCGAAGCTGACAGCATAACCCATGCTGCAGGAAAAGTGCATCGCGTGCCGACGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGAAAc < 2:2219977/140‑1 (MQ=255) tCACGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGAAAc < 1:3734427/140‑1 (MQ=255) | ACCCGTGGCAGGATTTATCGAAATTGCATGAGTTGCCGGAGTAATGGTCATCGGGGTATCTCCTTTATGAGTCATGGTATGAAGATACGCAGATTTACTCTTGCTTTAAAATGAATAATATTAAGCCACTTATTCATGAATCGAGAATGCTATGGATCTGACCCAACTGGAGATGTTCAACGCGGTTGCCGAAGCTGGCAGCATAACCCAGGCTGCAGCAAAAGTGCATCGCGTGCCGTCGAATCTCACTACCCGTCTGCGCCAGCTGGAAAC > NZ_CP025268/1619473‑1619745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |