Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 1,804,700 | C→T | K39K (AAG→AAA) | rpmI ← | 50S ribosomal protein L35 |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,804,700 | 0 | C | T | 98.7% | 774.0 / NA | 223 | K39K (AAG→AAA) | rpmI | 50S ribosomal protein L35 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (135/84); minor base G (3/0); total (139/84) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.91e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
ATATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCG > NZ_CP025268/1804565‑1804835 | tgtgCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCg < 1:1678166/140‑1 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCGCGCGATTACCAGGCCCATATGGCGTTTGGCAACAATGGCGTTCGGAGGCAGGTGGCGTTTAGGTTTGGTCGCttt > 2:1950392/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 2:770480/1‑140 (MQ=255) ctctCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCttt > 2:2723366/1‑140 (MQ=255) 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atatTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAAtt > 1:4082599/1‑139 (MQ=255) atatTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAAtg > 2:1652861/1‑140 (MQ=255) atatTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAAtg < 2:785507/140‑1 (MQ=255) atatTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAAtg > 1:1736991/1‑140 (MQ=255) atatTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAAtg > 1:4287895/1‑140 (MQ=255) atatTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTGTTGGTCAGAAtg > 2:3339407/1‑140 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ccTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGACGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTAc < 2:2922557/140‑1 (MQ=255) tGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTc > 2:4386436/1‑140 (MQ=255) ccATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAAtt > 1:1312675/1‑140 (MQ=255) cATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAAttt > 2:3599212/1‑140 (MQ=255) cATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTAAAAACCACCTTTACCGGTTTTTGTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAAttt > 1:2894497/1‑140 (MQ=255) gCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTgg < 2:1042166/140‑1 (MQ=255) tCGGACGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCAtt > 1:4691955/1‑140 (MQ=255) cGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaat < 2:4660980/140‑1 (MQ=255) cGCAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTtaat < 2:2169736/140‑1 (MQ=255) cAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAgcg > 2:3023108/1‑96 (MQ=255) cAGGTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAgcg < 1:3023108/96‑1 (MQ=255) gTGACGTTTACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACtt < 1:1460250/140‑1 (MQ=255) ttACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTc < 1:3886226/140‑1 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCg > 1:3411505/1‑140 (MQ=255) tACGTTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCGTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAgcg < 2:1806564/85‑1 (MQ=255) | ATATGTGCTCTCCTGTATCTATATTCTAATTAAAAAGTTAAAAACGTTAACGGCTTATGCGTACGGCAGGCACGCGATTACCAGGCCCAGATCGCCTTTGGAAACCATGGCTTTCGGACGCAGGTGACGTTTACGCTTGGTCGCTTTTTTGGTCAGAATGTGACGCAGGTTAGCGTGCTTGTGCTTAAAACCACCTTTACCGGTTTTTTTGAAGCGCTTAGCAGCACCGCGTACGGTCTTAATTTTTGGCATTTTAATAACTTCCACTTCG > NZ_CP025268/1804565‑1804835 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |