Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 1,867,819 | C→T | R78R (CGC→CGT) | gapA → | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 1,867,819 | 0 | C | T | 99.3% | 1129.5 / NA | 304 | R78R (CGC→CGT) | gapA | glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (149/152); minor base G (2/0); total (152/152) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
ACGACCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGCGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTCT > NZ_CP025268/1867683‑1867954 | aCGACCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTGACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGAt > 2:2923752/1‑140 (MQ=255) cGACCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATc > 1:5085594/1‑140 (MQ=255) aCCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCg > 1:636928/1‑140 (MQ=255) ccTCTTACACGCTGATTACATGGCATCCATGCTCAAATATGACTCCCCTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGACAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAACAAACTCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCgg < 2:3125552/140‑1 (MQ=255) tAGACGCTGATTACATGGCATCCATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAAc < 2:174121/140‑1 (MQ=255) tGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAACATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAAt > 1:4784113/1‑140 (MQ=255) tGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAAt > 1:3394158/1‑140 (MQ=255) aTTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGCCGGTACCGTTGAAGTGCAAGACGGTCATCTGCTCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGGTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATgg > 1:1373185/1‑140 (MQ=255) aTTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATgg > 2:3478541/1‑140 (MQ=255) aacttGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGa < 2:4682722/136‑1 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(MQ=255) ccGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGt < 1:1858963/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 2:4996161/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 1:2241464/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 1:2376563/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 2:2553994/140‑1 (MQ=255) cGCTGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTc < 2:392354/140‑1 (MQ=255) tGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACTCATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGt < 2:2296698/140‑1 (MQ=255) tGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGt < 1:2587731/140‑1 (MQ=255) tGAACGTGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGt < 2:720047/140‑1 (MQ=255) aaCGTGATACGGCTAACCTGAAATGGGACGGAGTTTGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCGCGTAAACCGATCAGCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTCGGCCGACt > 2:1675852/1‑140 (MQ=255) | ACGACCTGTTAGACGCTGATTACATGGCATACATGCTGAAATATGACTCCACTCACGGCCGTTTCGACGGTACCGTTGAAGTGAAAGACGGTCATCTGATCGTTAACGGTAAAAAAATCCGTGTTACCGCTGAACGCGATCCGGCTAACCTGAAATGGGACGAAGTTGGTGTTGACGTTGTCGCTGAAGCAACTGGTCTGTTCCTGACTGACGAAACTGCTCGTAAACACATCACCGCTGGTGCGAAGAAAGTGGTTATGACTGGTCCGTCT > NZ_CP025268/1867683‑1867954 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |