| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 3,016,591 | T→C | *257* (TAA→TAG) | yqeC ← | selenium cofactor biosynthesis protein YqeC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 3,016,591 | 0 | T | C | 99.6% | 914.4 / NA | 275 | *257* (TAA→TAG) | yqeC | selenium cofactor biosynthesis protein YqeC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (113/161); minor base G (1/0); total (114/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
AGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATAT‑CTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGTTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTAA > NZ_CP025268/3016458‑3016727 | aGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATATCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAAtt > 1:3999796/1‑140 (MQ=255)aGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATATCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAAtt > 2:1930431/1‑140 (MQ=255) gggCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATATCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTcaca > 2:648812/3‑140 (MQ=255) cGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATATCCTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTg > 2:2310007/1‑140 (MQ=255) 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cAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATtct > 1:4027092/1‑140 (MQ=255) aGTAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTACAATCGCATtctc > 1:4574291/1‑140 (MQ=255) tAACCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTcac > 1:3290254/1‑140 (MQ=255) aaCCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTcaca < 1:287293/140‑1 (MQ=255) aCCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACAt > 2:1504509/1‑140 (MQ=255) aCCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACAt > 2:1566413/1‑140 (MQ=255) aCCCGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACAt > 1:2417742/1‑140 (MQ=255) cccGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAACTCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACAtt < 1:565695/140‑1 (MQ=255) cccGGAATACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACAtt > 2:2758618/1‑140 (MQ=255) aaTAGCCGGGCGGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGAGTGCAGGAGGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTCCCGCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGaa > 2:4785647/1‑140 (MQ=255) aTACCCGGGCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGaaa < 1:5070607/140‑1 (MQ=255) gCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTa < 2:3524677/140‑1 (MQ=255) gCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTa > 2:589814/1‑140 (MQ=255) gCCGCTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTa > 1:1867070/1‑140 (MQ=255) ccGCTAATTCACAACTCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCCGTTTAAGTAGCTCGCCTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTaa < 2:1857132/140‑1 (MQ=255) | AGTCGAGCCTCGGCTATCAACAATTTGCGCCATAGCAAACGGACAATTTTGCTCTTCGAGTTTTGCAGCCTCTGTGAAAATATTCATACCAACCTCAATGGATAT‑CTTTCAGTAACCCGGAATACCCGGGCCGTTAATTCACAAATCTGCGCGCGATTGCAGGATGTTCTTGTATATCGCCCAGCCAGATTGCCTCTACGTCGTGTTGTTGCAGCGGTTGAAGGAGCTCGCTTTGTGCAATCGCATTCTCACATTGAGAAAAACGGTTAA > NZ_CP025268/3016458‑3016727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |