| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,684,318 | T→C | *663* (TAA→TAG) | hmsP ← | biofilm formation regulator HmsP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,684,318 | 0 | T | C | 99.6% | 743.0 / NA | 224 | *663* (TAA→TAG) | hmsP | biofilm formation regulator HmsP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (133/89); minor base A (1/0); total (135/89) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
CCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGTTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGCTTCAGTCTCCACGCCTTCGGCA > NZ_CP025268/3684182‑3684450 | ccTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTAc > 1:4542200/1‑140 (MQ=255)ccTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTAc > 2:3129473/1‑140 (MQ=255)ccTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTAc > 1:648224/1‑140 (MQ=255)ccTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTAc > 2:1362477/1‑140 (MQ=255)ccTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTAc > 2:51864/1‑140 (MQ=255)ccTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTAc > 1:1794617/1‑140 (MQ=255)ccTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTAc > 1:2288333/1‑140 (MQ=255)ccTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTATTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTAc > 1:1448964/1‑140 (MQ=255) gCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTttct > 2:4293204/1‑140 (MQ=255) gCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTttct > 2:861784/1‑140 (MQ=255) gCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTttct > 2:538968/1‑140 (MQ=255) gCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTCTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTttct > 2:4377725/1‑140 (MQ=255) ccTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTttctt < 2:923390/140‑1 (MQ=255) ccTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTttctt < 2:644753/140‑1 (MQ=255) cTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTttcttc > 1:2573158/1‑140 (MQ=255) cTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTGGGGGTAGCTACTTttattc > 2:2785946/1‑140 (MQ=255) acacCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAAct > 1:3067821/1‑140 (MQ=255) acCCAGACAACAGCACAGAAAGGTACCTGGGTCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACGTTTTAATGGTTTGTAATCAGTTTTGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAAgtca > 1:1485854/1‑139 (MQ=255) agccaacaTCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTCAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTATTTAAAGTTTTGTCATCAGTTTGGGGTAGCTACTGTTCTTCCAGGATGCTCTCTTc > 2:3809592/4‑140 (MQ=255) aGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTc > 2:215570/1‑140 (MQ=255) gACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTCAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCg < 2:3954459/140‑1 (MQ=255) cacaacaTCACAGACATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGCTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCg < 2:1446797/139‑1 (MQ=255) caacaTCATAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGaa < 1:4866954/140‑1 (MQ=255) caacaTCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGaa < 1:3582534/140‑1 (MQ=255) aaacaTCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTACCTCTCTTCGaa < 2:3682297/139‑1 (MQ=255) caTCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGAt > 1:4526134/1‑140 (MQ=255) caTCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGAt > 1:1456694/1‑140 (MQ=255) caTCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGAt > 2:1454521/1‑140 (MQ=255) caTCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGAt > 1:2235482/1‑140 (MQ=255) caGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCaa < 1:3151687/140‑1 (MQ=255) caGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCaa < 2:5070836/140‑1 (MQ=255) caGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCaa > 1:1332772/1‑140 (MQ=255) aGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAAt > 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cTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTggg < 1:3736633/140‑1 (MQ=255) ggATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCg > 1:4261116/1‑140 (MQ=255) ggATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCg > 1:4017410/1‑140 (MQ=255) gATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGa > 2:1848832/1‑140 (MQ=255) aTCATAATTGAAACAAAAAGGTTACAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGGGGGCGAg > 1:2039046/1‑140 (MQ=255) aTCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAg > 2:2398401/1‑140 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aaaCAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGaa < 1:1784707/140‑1 (MQ=255) aaaCAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGaa > 1:3522178/1‑140 (MQ=255) aCAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGc > 1:5192149/1‑140 (MQ=255) aCAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGc > 1:4962387/1‑140 (MQ=255) cAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGcc < 2:3061836/140‑1 (MQ=255) cAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGcc < 1:2207303/140‑1 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2:4210553/1‑140 (MQ=255) cACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGt > 1:4725294/1‑140 (MQ=255) aCTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGtt < 1:1134948/140‑1 (MQ=255) ttttAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTtgtg < 2:2933438/140‑1 (MQ=255) ttttAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTtgtg < 2:2491220/140‑1 (MQ=255) tttAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGc > 2:3179284/1‑140 (MQ=255) tttAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGc > 1:318221/1‑140 (MQ=255) tttAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGc > 1:2742017/1‑140 (MQ=255) tttAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGc > 1:260470/1‑140 (MQ=255) tttAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGc > 2:168371/1‑140 (MQ=255) tGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCGGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGCTTCAGTCTcc > 1:5138382/1‑140 (MQ=255) tGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGCTTCAGTCTcc > 2:1104548/1‑140 (MQ=255) tGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGCTTCAGTCTcc < 1:1657114/140‑1 (MQ=255) tGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTCTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGCTTCAGTCTcc > 2:2326310/1‑140 (MQ=255) tGTAATCAGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTACAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGCTTCAGGCTcc > 2:789366/1‑140 (MQ=255) aGTTTGGGGTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGCTTCAGTCTCCACGCCtt > 1:926450/1‑140 (MQ=255) ggggTAGCTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGCTTCAGTCTCCACGCCTTCGGCa < 1:4111919/140‑1 (MQ=255) | CCTGCGGCCTTAAAATAACACCCAGACAACATCACAGAAATGTACCTGGATCATAATTGAAACAAAAAGGTTAAAAAGTTTGAGCTGGCTCGCACAAACCAGCACTTTTTAAAGTTTTGTAATCAGTTTGGGGTAGTTACTTTTCTTCCAGGTAACTCTCTTCGAAGATTTCAATAGGGAGTGGGCGAGCAAAAAGGAAGCCCTGGGCAATACCAACGCCCGCTTTTGCCAGCCAGTCGCGTTGTGCTTCAGTCTCCACGCCTTCGGCA > NZ_CP025268/3684182‑3684450 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |