| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,857,882 | T→C | N4S (AAC→AGC) *116* (TAA→TAG) |
yidG ← yidH ← |
DUF202 domain‑containing protein YidH family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,857,882 | 0 | T | C | 99.7% | 1013.4 / NA | 305 | N4S (AAC→AGC) *116* (TAA→TAG) | yidG yidH | DUF202 domain‑containing protein YidH family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (107/197); minor base G (1/0); total (108/197) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.54e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
AACATGCCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGTTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAG > NZ_CP025268/3857747‑3858017 | cATGCCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCg < 2:2010757/140‑1 (MQ=255) cATGCCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCg < 1:1649418/140‑1 (MQ=255) cATGCCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAACGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCg < 1:4793665/140‑1 (MQ=255) aTGCCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCgg < 1:2717658/140‑1 (MQ=255) aTGCCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCgg < 1:4225999/140‑1 (MQ=255) aTGCCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCgg < 1:2261999/140‑1 (MQ=255) tGCCCGCCTGGTGCCAGTTGTGGTTGATAGCCAACGCCACCACCGCGCCTTCTCCCCGACCGGCACGCAA‑GCCCCTTAGAGATCTGCGCCCCTGCTGCCGTAGTGGGTCGTCTATGCGTCGGGCTTTGCCGCAATCCgaa > 2:763500/1‑138 (MQ=255) ccGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCGAGCGTGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATa < 1:3706263/140‑1 (MQ=255) ggTGCGAGCTGTGTTTGATAGCCAACGCTATCTACGAGCCGTAGCCCAGCCTGGTACGACA‑CCACGCCAGTGATGTCCGCTCCGGCTGCAGTCCTGCGTGGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAacac < 2:2435380/140‑1 (MQ=255) ggTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTCTCCGGCATACAacac > 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ggTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTAGCGGCTATCCGGCATACAacac < 1:3955986/140‑1 (MQ=255) gctcccAGTTGCGTTTGATAGACAACACCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCATTGCGGCTATCCGGCATACAacac < 2:3975170/136‑1 (MQ=255) gCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAg < 1:2167430/140‑1 (MQ=255) gCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAAAACCAg < 2:3089406/140‑1 (MQ=255) ccAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGt < 2:3630308/140‑1 (MQ=255) tgtTTGATAGCCAACGCCATCACCGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATaa > 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cGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGGCACg < 2:4816391/140‑1 (MQ=255) cGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACg < 1:142697/140‑1 (MQ=255) cGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACg < 1:101792/140‑1 (MQ=255) tCAACGCGCCGTAGCGCAGCATGGGACGAAA‑CCACGGCAGTGATGTGCGCTCCTGCTGCAGTCCTGGATCGGCAATGCTTCTGGCGTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATCACGATCCACGCCACGACCAt < 2:5144860/140‑1 (MQ=255) tCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCTGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCAt < 1:2896606/140‑1 (MQ=255) tCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCAt > 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cTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGa > 1:4061276/1‑140 (MQ=255) gTCCTGGGTCGTCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGTCACGACCATCAATATTAAGCTAATGAATAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCAt > 2:1493528/1‑140 (MQ=255) gTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCAt < 2:3602559/140‑1 (MQ=255) gTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCAt < 2:1037206/140‑1 (MQ=255) cTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGc > 1:2615307/1‑140 (MQ=255) cGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTc < 1:2063249/140‑1 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(MQ=255) tGCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCaa > 2:3149421/1‑140 (MQ=255) gCGGCTATCCGGCATATAACACCAGTCCCATAACGAGCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTATTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTCTCATTGCGTAACCAGCGCaat < 2:4310969/140‑2 (MQ=255) gCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAg < 1:2353811/140‑1 (MQ=255) gCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAg < 1:4981361/140‑1 (MQ=255) gCGGCTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAg > 2:353922/1‑140 (MQ=255) | AACATGCCCGCCTGGTGCCAGTTGTGTTTGATAGCCAACGCCATCAACGCGCCGTAGCCCAGCATGGTACGAAA‑CCACGCCAGTGATGTGCGCTCCGGCTGCAGTCCTGGGTCGGCAATGCGTCTGGCTTTGCGGTTATCCGGCATACAACACCAGTCCCATAACGATCACCGCCACGACCATCAATATTAAGCTAATGATTAATAAGCTGTTGGTGTAGGGCAGGTCCTCTTTCAGACGCATCGCTTTTTCATTGCGTAACCAGCGCAAG > NZ_CP025268/3857747‑3858017 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |