| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NZ_CP025268 | 4,139,151 | G→A | S143S (AGC→AGT) | yijF ← | DUF1287 domain‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 4,139,151 | 0 | G | A | 99.6% | 981.3 / NA | 275 | S143S (AGC→AGT) | yijF | DUF1287 domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (190/84); total (191/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 275 total aligned reads displayed.
TCTTCTTCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCGCTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAATTCTTCG > NZ_CP025268/4139014‑4139287 | tcttcGTGCGCGCCTGCGCCACTGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTggg < 2:525742/140‑1 (MQ=255) ttcCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGt < 2:1456489/140‑1 (MQ=255) tcCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGtt > 1:175998/1‑140 (MQ=255) tcCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGACCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGtt > 2:1620016/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 2:878373/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 1:3275359/1‑140 (MQ=255) cgcgcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGc > 1:2287820/1‑140 (MQ=255) gcCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCtgg < 1:2673770/140‑1 (MQ=255) ccTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCGCCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCtggt < 1:3553105/140‑1 (MQ=255) cgcCTATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCCCCCCACTATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTTGGGTTCTTGCTGGTgggg < 2:4973599/140‑1 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2:223037/1‑140 (MQ=255) aTCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATg < 2:2785457/140‑1 (MQ=255) cACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggc > 2:3446540/1‑140 (MQ=255) cACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggc > 1:3139229/1‑140 (MQ=255) cACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggc > 1:3123783/1‑140 (MQ=255) aCCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATggcg > 2:1600798/1‑140 (MQ=255) 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2:3972016/1‑140 (MQ=255) ggCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTTACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTCGACCAGGTTCCCCGAt > 2:2833520/1‑140 (MQ=255) gCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGAtt < 2:4192951/140‑1 (MQ=255) aaGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAgg < 1:682104/140‑1 (MQ=255) ccATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCAc < 1:780473/140‑1 (MQ=255) cTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGa > 2:3019891/1‑140 (MQ=255) cTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGa < 2:4348529/140‑1 (MQ=255) cTGAAACCACCCCAATATATGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAAGATCGCCCGCGTGATAGACACTGGGGTCCCTGCTGGTGGGGCGTGTTTGATCATGGCGGCGAAAACAGGTTGCCAGATTAGGCTCCCGa > 2:4908353/1‑140 (MQ=255) tGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGAc < 2:2656116/140‑1 (MQ=255) gacaccaccCCACTTTGTGCCAACCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATAGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGAGTGTTTTATCCTGGCGGCTAAACCACGTTTCCAGATTAGACACCCGACg < 2:2620839/137‑1 (MQ=255) gAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGACACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACg < 2:5161567/140‑1 (MQ=255) ccaccCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGa > 1:4804981/1‑140 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(MQ=255) aCAATATCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCgg > 1:316338/1‑140 (MQ=255) tatCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTAc > 1:4972132/1‑140 (MQ=255) tatCGCCCGCTTGATAGTCACGGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTGAACGAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGGGATCGATGTTGCTGTCGGGGCGCTTTAACTTCCATTTGTGCGGGGAc > 2:660698/1‑140 (MQ=255) atCGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACt < 2:591479/140‑1 (MQ=255) cGCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCa > 1:4527464/1‑140 (MQ=255) gCCCGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAg > 2:3628218/1‑140 (MQ=255) cccGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAgg > 2:2353815/1‑139 (MQ=255) ccGCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCa < 2:4014977/140‑1 (MQ=255) gCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaa > 1:4439978/1‑140 (MQ=255) gCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaa > 2:4640916/1‑140 (MQ=255) gCTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaa > 2:4609123/1‑140 (MQ=255) cTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaaa > 1:109396/1‑140 (MQ=255) cTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaaa > 1:2011442/1‑140 (MQ=255) cTTGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCaaaa > 1:278176/1‑140 (MQ=255) tGATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAAtt < 2:19096/140‑1 (MQ=255) gATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAAttc < 1:3972006/140‑1 (MQ=255) gATAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAAttc < 2:1771530/140‑1 (MQ=255) aTAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAAttct > 1:363070/1‑140 (MQ=255) tAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAAttctt < 2:1545502/140‑1 (MQ=255) tAGTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCACGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGCTGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAAttctt < 1:239201/140‑1 (MQ=255) gTCACTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGCTCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAATTCTTCg < 2:2597455/140‑1 (MQ=255) | TCTTCTTCCTGCGCGCCTGCGCCAATGTTATGTATCACCAGCGGCGTACCGTCGCGGGCGAAGCCATCTGAAACCACCCCAATATGTGCCAGCCCGTTATCCAGTCGCCAGGAGACAATATCGCCCGCTTGATAGTCGCTGGGGTTCTTGCTGGTGGGGCGTGTTTTATCATGGCGGCTAAACCAGGTTTCCAGATTAGGCACCCGACGGTGATCGATGTTGCTGTCCGGGCGCTTTAACTTCCATTTTTGCGGGTACTCAGCAAAATTCTTCG > NZ_CP025268/4139014‑4139287 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |