| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NZ_CP025268 | 4,449,815 | A→G | pseudogene (3779/3779 nt) | tamB → | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NZ_CP025268 | 4,449,815 | 0 | A | G | 99.8% | 1500.3 / NA | 447 | pseudogene (3779/3779 nt) | tamB | autotransporter assembly complex protein TamB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (225/219); total (225/222) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
Only 100 of 447 total aligned reads displayed.
AAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGA‑T‑TGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCA > NZ_CP025268/4449680‑4449949 | aaGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATT‑TGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCaa > 2:5161030/1‑140 (MQ=255) gagaTACGGCGTGGGTATATTTGCCTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTACGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATT‑TGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCg < 2:4742362/137‑1 (MQ=255) aaaTACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATT‑TGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAAGGCGa > 1:1911580/1‑140 (MQ=255) aaTACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGATT‑TGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGaa < 1:5199629/140‑1 (MQ=255) 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aCT‑GGATT‑TGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGta < 2:3548243/140‑1 (MQ=255) ggatt‑tGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCGGATTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAg > 1:161707/5‑140 (MQ=255) tGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTGTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTgg > 1:605822/1‑140 (MQ=255) gCTCTATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTggg > 1:2057013/1‑140 (MQ=255) tATCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCAc < 1:3158833/140‑1 (MQ=255) aTCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACt > 1:3331665/1‑140 (MQ=255) aTCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACt > 1:4680148/1‑140 (MQ=255) aTCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAACAGTTGTATAGCCTGGGCCACt > 2:4844087/1‑140 (MQ=255) aTCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATCCCCAGTTACTGGGCGAGTAGAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCATGGGCCACt > 2:1181227/1‑140 (MQ=255) tCAGTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTAc < 2:3179651/117‑1 (MQ=255) gTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATcc < 2:2519291/140‑1 (MQ=255) gTTCGAGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATcc < 2:3690116/140‑1 (MQ=255) aGTTTTAGCAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGgcg < 1:1366102/140‑1 (MQ=255) | AAGTGAAATACGGCGTGGGTATATTTGACTCTATAGCAACACTCACGTTACGTTATCGCCTGATGCCTAAGCTATATCTGGAAGCCGTGTCTGGTGTAGACCAGGCACT‑GGA‑T‑TGCTCTATCAGTTCGAGTTTTAACAATGCGAATATTTGTCTACGGCAGTTTACGCCACAAACAAGGCAACAGTCACTGGATGACCAATGCCCAGTTACTGGGCGATTTCAGTATCGATAACTACCAGTTGTATAGCCTGGGCCACTATCCAGGCGCA > NZ_CP025268/4449680‑4449949 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |