Predicted mutation | ||||||
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RA | NZ_CP025268 | 4,579,872 | T→C | M1M (ATG→GTG) † *460* (TAA→TAG) |
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5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease system specificity protein McrC 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NZ_CP025268 | 4,579,872 | 0 | T | C | 99.6% | 882.5 / ‑4.3 | 266 | M1M (ATG→GTG) † *460* (TAA→TAG) | mcrC mcrB | 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease system specificity protein McrC 5‑methylcytosine‑specific restriction endonuclease subunit McrB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (161/104); minor base G (1/0); total (162/104) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.67e-01 |
Only 100 of 266 total aligned reads displayed.
ATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCATTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATC > NZ_CP025268/4579737‑4580006 | acatacCCCAGGATAGCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAg < 1:1240389/140‑1 (MQ=255) cattcCCCAGGATATTAAGAAGCTTGTTATCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGt < 2:4214787/140‑1 (MQ=255) acCCCAGGGTATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCAACTATGAGTccc > 2:3676375/1‑140 (MQ=255) acCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCTCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCACTATGAGTccc > 2:2013322/1‑140 (MQ=255) 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1:3043102/1‑140 (MQ=255) tGTTCCACTATGAGTCCTCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCCGCGTGGTGCCa < 2:1234499/140‑1 (MQ=255) tGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTTAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTCAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGccc < 2:1234340/140‑2 (MQ=255) tGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTGAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCCTTAAGCCATTGCGTATCCGGAGGGGTGCCa > 1:1626444/1‑140 (MQ=255) tGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCa < 1:221061/140‑1 (MQ=255) tGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCa > 1:1944064/1‑140 (MQ=255) tGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCa < 2:3086091/140‑1 (MQ=255) tGTTCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCa < 1:1056174/140‑1 (MQ=255) tGTTCCACTATGAGGCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCa < 1:1212889/140‑1 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGTAGAGGTGCCATc > 2:3496444/1‑140 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATc > 1:277182/1‑140 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATc > 1:3669968/1‑140 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATc > 2:478048/1‑140 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATc > 1:4004888/1‑140 (MQ=255) ttCCACTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATc < 2:806288/140‑1 (MQ=255) | ATACATACCCCAGGATATCAAGAAGATTGTTACCGGGTATGGCTTCAAGGTTTGCCTGCTTAATTTCCTGTAAATAACCCCATGCATAGGTAAGCATGTAATAGATATTACGGACAGGTATCACGGGCTGTTCCATTATGAGTCCCCTAATAATTTGTTGGTCCATTTCTGTTGTTTATAGGGGTCATCAAAGAAATATTCTTCGAGTAAAGGGGCGATATCCGTCATCACAATTTCATTAAGCCATTGCGTATCCGGAGAGGTGCCATC > NZ_CP025268/4579737‑4580006 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |