| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 384,788 | G→A | G169D (GGT→GAT) | tauA → | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 384,788 | 0 | G | A | 98.7% | 780.8 / NA | 229 | G169D (GGT→GAT) | tauA | taurine ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (100/124); total (103/126) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.89e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
CGCATCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGGTATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAAAGATTTTGCC > NZ_CP025268/384652‑384924 | cGCATCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGatat < 2:1283239/140‑1 (MQ=255) gCATCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCCCTACAGCCTGCTTGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTTAACCCGGGCAAGTGGAGTTTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATAtt > 2:775717/1‑140 (MQ=255) aTCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGa < 1:1002117/140‑1 (MQ=255) aTCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGa < 1:2437531/140‑1 (MQ=255) aTCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGAATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGa < 2:160649/140‑1 (MQ=255) cGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATg > 1:2078179/1‑140 (MQ=255) cGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATg > 1:1404682/1‑140 (MQ=255) cGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATg < 1:3884382/140‑1 (MQ=255) tACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCt < 2:2353564/140‑1 (MQ=255) aCCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCtt < 1:3250982/140‑1 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1:589567/140‑1 (MQ=255) ccacccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGCCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCTCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcg < 2:4218432/140‑1 (MQ=255) cacccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcgg > 2:4744922/1‑140 (MQ=255) cccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcggcg > 2:2103197/1‑140 (MQ=255) ccacTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACcggcgg > 2:1377945/1‑140 (MQ=255) tACAGCCTGCTGGCTGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGAGATGGATGGTGCTTATGGCTGGGCACCGGCGGTTaa > 2:2248154/1‑140 (MQ=255) tACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGTACCGGCGGTTaa < 2:5130819/140‑1 (MQ=255) tACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTaa < 2:4667940/140‑1 (MQ=255) gCCTGCTGGCGGCACTGGAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGcc > 1:2774217/1‑140 (MQ=255) gCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGcc < 1:5172820/140‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAGCCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGccc < 2:1240319/140‑1 (MQ=255) ccTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGccc < 1:53484/140‑1 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ggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 1:3603732/140‑1 (MQ=255) ggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 1:3687627/140‑1 (MQ=255) ggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 2:5086380/140‑1 (MQ=255) ggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 1:4774970/140‑1 (MQ=255) ggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGAACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 1:1522811/140‑1 (MQ=255) ggCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGAGATTGATGGTGCTTATGGCGGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGCAAAAGACGGCAAGGTGTTGAc < 1:752315/140‑1 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cgcgATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACg > 1:4038729/1‑140 (MQ=255) ggCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTGATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCaaa > 2:1828424/1‑140 (MQ=255) gCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTTGGTGGTGCGCAAAg > 1:844110/1‑140 (MQ=255) gCAGCGGGGAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAAAg > 2:1177681/1‑140 (MQ=255) gggAGATATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACGGGCGGTGAACGCCTTGGAAAAGGACGGCAAGGGGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGAAGTGGGGCGCGCAAACGCTGGACGTGTGGGTGGTGCGGAGAGATTTTg > 2:437737/1‑140 (MQ=255) | CGCATCGCCGTACCGTTTATCTCCACCACCCACTACAGCCTGCTGGCGGCACTGAAACACTGGGGCATTAAACCCGGGCAAGTGGAGATTGTGAACCTGCAGCCGCCCGCGATTATCGCTGCCTGGCAGCGGGGAGGTATTGATGGTGCTTATGTCTGGGCACCGGCGGTTAACGCCCTGGAAAAAGACGGCAAGGTGTTGACCGATTCTGAACAGGTCGGGCAGTGGGGCGCGCCAACGCTGGACGTCTGGGTGGTGCGCAAAGATTTTGCC > NZ_CP025268/384652‑384924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |