| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 1,206,865 | (T)6→5 | pseudogene (1043/1129 nt) | intE ← | site‑specific integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 1,206,860 | 0 | T | . | 99.7% | 1477.5 / ‑0.4 | 310 | pseudogene (1048/1129 nt) | intE | site‑specific integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base . (145/162); total (148/162) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 | |||||||||||
Only 100 of 345 total aligned reads displayed.
TTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATG > NZ_CP025268/1206723‑1206994 | ttAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGttt > 1:2376005/1‑140 (MQ=255) tttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt < 1:3707615/140‑3 (MQ=255) tttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt < 2:1891408/140‑3 (MQ=255) tttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt < 2:2288281/140‑3 (MQ=255) ttcttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTTAGATGCTTAAAGGTGCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt < 2:370438/137‑3 (MQ=255) ttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgtg < 2:5224189/140‑4 (MQ=255) ttttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgtg < 2:4447430/140‑4 (MQ=255) tttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgtgt > 1:5065284/1‑136 (MQ=255) tttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgtgt > 1:2215146/1‑136 (MQ=255) tttATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTCGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAATTAGtttttgtgt > 1:994749/1‑136 (MQ=255) tCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGCTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCCAGTAG‑TTTTTGTGTGTCt < 2:253675/140‑1 (MQ=255) tCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCt < 1:386516/140‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATCACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:423677/140‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 1:2481351/140‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 1:3506877/140‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt > 1:3090273/1‑140 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:122875/140‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 1:697472/140‑1 (MQ=255) cGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCt < 2:4975483/140‑1 (MQ=255) ggTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTg < 2:3845530/140‑1 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGCTGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCTGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 2:2678976/140‑1 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 2:3128565/140‑1 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 2:1440774/140‑1 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 2:2853573/140‑1 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 2:3736532/140‑1 (MQ=255) tGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGtt < 2:4315036/140‑1 (MQ=255) agaAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCt < 1:3774944/140‑1 (MQ=255) agaAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCt > 1:4321198/1‑140 (MQ=255) agaAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCt < 2:416786/140‑1 (MQ=255) cAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACa < 1:1771423/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACGACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 2:3527131/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 1:3514963/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 1:5182216/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 1:4028318/140‑1 (MQ=255) ggCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGtt < 2:4041771/140‑1 (MQ=255) gCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTc < 1:2253321/140‑1 (MQ=255) gCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTc < 2:4562298/140‑1 (MQ=255) gCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTc < 2:4831595/140‑1 (MQ=255) tGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGAt > 2:138911/1‑140 (MQ=255) aaTGCTTAAAGCTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTTTTGTGTTTTATGCCCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATaaa < 2:1920129/139‑1 (MQ=255) gCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGAc > 2:3076875/1‑140 (MQ=255) cacaACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGGCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATg > 2:4084552/1‑140 (MQ=255) gCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATCCAGACGTTCAAATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGt < 2:85921/140‑1 (MQ=255) gCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGt < 1:268115/140‑1 (MQ=255) gCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCGCATGGAATGt < 2:65026/140‑1 (MQ=255) cTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTc > 2:3777153/1‑140 (MQ=255) cTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTc > 1:4092553/1‑140 (MQ=255) tACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg < 2:535710/140‑1 (MQ=255) tACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg > 1:1704276/1‑140 (MQ=255) tGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTTTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGt < 1:3924302/140‑1 (MQ=255) tGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGt > 1:1421909/1‑140 (MQ=255) cTCCATCTTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGa > 1:3230169/1‑140 (MQ=255) cTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt > 2:3681044/1‑70 (MQ=255) cTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGtttttgt < 1:3681044/72‑3 (MQ=255) cTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGa > 1:1320620/1‑140 (MQ=255) cTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGa > 1:3610946/1‑140 (MQ=255) cTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGa < 1:2803020/140‑1 (MQ=255) cTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGa > 1:487340/1‑140 (MQ=255) cTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGa < 2:1114071/140‑1 (MQ=255) cTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGa > 2:3410652/1‑140 (MQ=255) ccATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAAc < 1:4125695/140‑1 (MQ=255) cATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAAcc < 1:1868431/140‑1 (MQ=255) cATCCTTTACCTCGATCAGCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAAACCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAAcc < 1:933925/140‑1 (MQ=255) tCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCtt > 2:2576994/1‑112 (MQ=255) tCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg > 2:1981802/1‑128 (MQ=255) tCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCg < 1:1981802/128‑1 (MQ=255) tCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCct < 2:440794/140‑1 (MQ=255) tCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCct > 2:4727041/1‑140 (MQ=255) tACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTccc > 1:4173978/1‑140 (MQ=255) tACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTccc > 2:3314699/1‑140 (MQ=255) tACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTccc > 1:4552531/1‑140 (MQ=255) tCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGt < 1:1577232/140‑1 (MQ=255) cGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTTTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTGCAGATAAAGACCTTTGCTGATGGAAGGGCGCAGGTGGACCCTCTCCCCAGTc > 2:1538458/1‑140 (MQ=255) cGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATGCAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTc > 2:220008/1‑140 (MQ=255) cGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTc > 2:1723788/1‑140 (MQ=255) cGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTc > 1:4590190/1‑140 (MQ=255) cGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTCCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTc > 1:5286904/1‑140 (MQ=255) atcatcATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCaa > 1:3425603/1‑140 (MQ=255) catcatGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAAtt < 2:2229950/140‑1 (MQ=255) catcatGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGAAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAAtt < 1:559796/140‑1 (MQ=255) gATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCt < 1:3045695/140‑1 (MQ=255) cGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtc > 1:1093472/1‑140 (MQ=255) cGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtc > 1:5106264/1‑140 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGATCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctc > 2:1643908/1‑140 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAGTGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctc > 2:777217/1‑140 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctc > 1:3342980/1‑140 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctc > 1:2541769/1‑140 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctc > 2:3896283/1‑140 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctc > 2:2067977/1‑140 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctc > 1:2885134/1‑140 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctc > 1:799540/1‑140 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAAtctc > 1:1175520/1‑140 (MQ=255) ttgttgttgTGTTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCtt < 1:477584/140‑1 (MQ=255) tgtTTTATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAAt > 2:2336939/1‑140 (MQ=255) ttttATGACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTc > 1:5060413/1‑140 (MQ=255) gACCAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTc < 1:3792989/140‑1 (MQ=255) aCCAAGTAG‑TTTTTCTGTCTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCa < 2:4597928/140‑1 (MQ=255) ccAAGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCaa < 2:2715893/140‑1 (MQ=255) aaGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATg > 1:605574/1‑140 (MQ=255) aaGTAG‑TTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATg > 2:1782462/1‑140 (MQ=255) | TTAGTTTTTATCATGTGCGGTGAGAAATTCAATGTGGCGTTGAGATGCTTAAAGGTTCACAACGCTACTTTGCTCCATCCTTTACCTCGATCATCATGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATG > NZ_CP025268/1206723‑1206994 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |