Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 2,218,374 | (C)5→6 | pseudogene (306/1685 nt) | btsS ← | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,218,369 | 1 | . | C | 96.4% | 890.2 / 23.0 | 276 | pseudogene (311/1685 nt) | btsS | two‑component regulatory system sensor histidine kinase BtsS |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (5/5); new base C (139/126); total (144/132) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 290 total aligned reads displayed.
GCGACGAACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑CCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCAAAC > NZ_CP025268/2218232‑2218503 | cgacgaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc > 1:3697858/1‑140 (MQ=255) gacgaACGTGACTGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑c < 2:3762034/140‑1 (MQ=255) gatcGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑ccca < 1:4585093/137‑3 (MQ=255) gaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑ccca > 1:1415233/1‑138 (MQ=255) gaACGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑ccca > 2:3235159/1‑138 (MQ=255) aaCGTGACGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑cccat > 2:319126/1‑137 (MQ=255) aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAata < 1:1059482/140‑1 (MQ=255) aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAata < 1:319126/140‑1 (MQ=255) aCGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAata < 1:2908452/140‑1 (MQ=255) cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTCAAGACTATATCAGTGCGCCCACAGCGGATCAAGATGCTGTGTACCAAGCCCCCGAGTCATCCTTCAAAGATGGTCGAGATCAAGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATAGAatat < 2:2529229/140‑1 (MQ=255) cGGCACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAatat < 1:912185/140‑1 (MQ=255) cACCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCATGATGCTGTGTATAAGGCCACCGAGTAATCCTTGAACGATGGTCGAGATTATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGa > 1:2733938/1‑140 (MQ=255) aCCGGCGGTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGAt > 2:1360905/1‑140 (MQ=255) gcggTAATGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTaa > 2:966118/1‑140 (MQ=255) aaTGGGGTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAgccgc > 1:2068841/1‑140 (MQ=255) ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:1239467/140‑1 (MQ=255) ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:283946/140‑1 (MQ=255) ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 2:1269361/140‑1 (MQ=255) ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 1:4091867/140‑1 (MQ=255) ggggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCgg < 2:4933810/140‑1 (MQ=255) gggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGt < 2:1233025/140‑1 (MQ=255) ggTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTGAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTc > 1:5286905/1‑140 (MQ=255) gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:2642411/1‑140 (MQ=255) gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:2995378/1‑140 (MQ=255) gTTAAAGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCa > 1:4256818/1‑140 (MQ=255) aaaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGAGGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATAGCGATGTAAGCCGCCGGTCAGcc > 1:27026/1‑140 (MQ=255) aaGACTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACGTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGACTATCGATGTAAGCCGACGGTCAGccc > 2:3857487/1‑140 (MQ=255) aCTTTATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAAc < 2:3495235/140‑1 (MQ=255) tttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACCATGGTCGAGGCCATGCAACTTAACGCGGTCATCC‑CCC‑CC‑ATCGAATACCGATATAAGCAGCCGCTAAGCCCacaca > 2:2698553/1‑136 (MQ=255) ttATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAg > 2:2208229/1‑140 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGCTGCTGTGTCCCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑CCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc < 2:3821139/140‑1 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:1468487/1‑140 (MQ=255) tATCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGc > 2:527471/1‑140 (MQ=255) aTCAGTGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGcc < 1:3489649/140‑1 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGTATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCATCAACGATTGTCGAGAGCATGCAACTTAACTCGGTCAT‑G‑CCC‑CCAATCGAATATCGATGAAAGCCGCCGGACAGCCCAACCAGGCCAcgg > 2:1927075/1‑138 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 1:3972392/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 2:4504458/1‑140 (MQ=255) tGCGCCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcg > 2:4716730/1‑140 (MQ=255) cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgac > 1:3236723/1‑140 (MQ=255) cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑cccatc > 2:4392401/1‑92 (MQ=255) cgcCCGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑G‑ccc‑cccatc < 1:4392401/96‑5 (MQ=255) cccGCGGCGGATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACcgacga > 1:4043761/1‑140 (MQ=255) ggcggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCGTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑TTCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccgga < 2:395549/140‑1 (MQ=255) cggATCAGGATGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACgaccggacc < 2:21077/140‑1 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:3366911/140‑1 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:1866195/140‑1 (MQ=255) tGCTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 1:975233/140‑1 (MQ=255) ggCTGTGTACCAGGCTACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTCACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAg < 2:1144300/139‑1 (MQ=255) cTGTGTACCAGGCCACCGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCCCCGACGACCGGACCGCCGAGTAAgcc < 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ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCGCAATACCGCGcc > 2:1653824/1‑140 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc > 1:1007511/1‑140 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 2:563336/140‑1 (MQ=255) ccGAGTAATCCTTCAACGATGGTAGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAC‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGcc < 1:4900981/140‑1 (MQ=255) aGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGCTCATGCACCTTAACGCGATCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCCGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt < 2:293058/140‑1 (MQ=255) aGTAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTAt > 2:1586458/1‑140 (MQ=255) tAATCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCg > 1:86716/1‑140 (MQ=255) aaTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGc > 1:3063561/1‑140 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:2301239/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:4716730/140‑1 (MQ=255) aTCCTTCAACGATGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCa < 1:5152379/140‑1 (MQ=255) 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1:1586458/140‑1 (MQ=255) tGGTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCa > 1:1992566/1‑140 (MQ=255) gTCGAGATCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGAACGGGTATTGGCAAt > 2:1784225/1‑140 (MQ=255) agaTCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGaa < 2:3697858/140‑1 (MQ=255) gaTCATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAAt < 1:1526545/140‑1 (MQ=255) cATGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGt < 2:661989/140‑1 (MQ=255) tGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa > 2:4235833/1‑140 (MQ=255) tGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa > 2:2884404/1‑140 (MQ=255) tGCAACTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa > 1:1926945/1‑140 (MQ=255) tGCAACTTAACGCGGGCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCa < 1:2007856/140‑1 (MQ=255) cTTAACGCTGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATTTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGTACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACAGCGCCTATCGCACGGGGATTGGCAATATAATGTTCAAtgtt > 2:4637636/1‑139 (MQ=255) cTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg < 2:1506745/140‑1 (MQ=255) cTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg < 1:2039422/140‑1 (MQ=255) cTTAACGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAAtgtg < 1:1841181/140‑1 (MQ=255) aaCGCGGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCaa < 2:1979294/140‑1 (MQ=255) cgcgGTCAT‑GCCCC‑CC‑ATCGAATATCGATGTAAGCCGCCGGTCAGCCCAACCAGCCCACCGACGACCGGACCGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAAcc > 2:3453891/1‑140 (MQ=255) ggTCAT‑GCCCC‑CC‑CTCGAATCTCGATGTACGCCGCCGGTCAGCCCAACCCGCCCACCGACGACCGGACAGCCGAGTAAGCCGCCCATTACCGCGCCTATCGCACGGGTATTGGCAATAGAATCGTCAATGTGCAACCCaa < 2:1416739/140‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |