Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NZ_CP025268 | 2,786,415 | +C | pseudogene (334/4580 nt) | ypjA ← | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 2,786,411 | 1 | . | C | 97.6% | 1098.4 / 16.0 | 334 | pseudogene (338/4580 nt) | ypjA | adhesin‑like autotransporter YpjA/EhaD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/6); new base C (140/185); total (142/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 355 total aligned reads displayed.
GGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑CC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786272‑2786545 | ggCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑a < 1:4450707/140‑1 (MQ=255) gcaaccaccAACAATGAGTATTTCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTAAAGCCCGGCCATGAATTGTCGTTCTAGCGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCGACTGTCGATTGTCGTACGAGTTGAAAT‑A‑c > 2:4341662/4‑140 (MQ=255) gCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑c > 1:2933443/1‑140 (MQ=255) cTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGGCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑cc > 1:2359795/1‑140 (MQ=255) tACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑cc‑c < 1:324498/140‑1 (MQ=255) tACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑cc‑c < 1:2235854/140‑1 (MQ=255) accaTCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑cc‑cccgt < 1:3306061/140‑4 (MQ=255) tCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATg > 1:360671/1‑140 (MQ=255) tGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAAtt > 2:1234183/1‑140 (MQ=255) gAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTg > 1:437277/1‑140 (MQ=255) aGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGa < 2:255511/140‑1 (MQ=255) aGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGa < 1:569155/140‑1 (MQ=255) tATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACt > 2:33156/1‑140 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGt > 1:5129055/1‑140 (MQ=255) ttCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGt > 1:377508/1‑140 (MQ=255) tCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTc > 1:1124733/1‑140 (MQ=255) aTTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGc < 2:5035627/140‑1 (MQ=255) ttCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGcc > 2:1547895/1‑140 (MQ=255) tCGCCCTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAACCGTCCTGATTGCCCCTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCa < 1:4586265/140‑1 (MQ=255) gCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑cc‑cccgt > 2:1374054/1‑115 (MQ=255) ctccctccCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGtt < 1:2593701/140‑1 (MQ=255) tccctcccTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTa < 2:3057080/140‑1 (MQ=255) ccctccctCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTaa < 1:414815/140‑1 (MQ=255) cctccctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAAt > 1:2604719/1‑140 (MQ=255) cctcTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGtt < 2:3792938/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:1415160/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 1:4424001/140‑1 (MQ=255) ctctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTg < 2:2817494/140‑1 (MQ=255) tctACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGt > 2:3864827/1‑140 (MQ=255) tACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtat > 2:3069324/1‑140 (MQ=255) aCGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatt > 1:1271613/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 2:1125055/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:2021246/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta < 2:581174/140‑1 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta > 1:1460557/1‑140 (MQ=255) cgcgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGtatta < 1:481499/140‑1 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 1:2684565/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 1:956614/1‑140 (MQ=255) cgTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTattatt > 2:707706/1‑140 (MQ=255) tGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAg > 1:636731/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 2:1560879/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 1:649238/1‑140 (MQ=255) aaGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGcc > 2:4936911/1‑140 (MQ=255) gCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTg < 1:1068553/140‑1 (MQ=255) cGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTTCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGcccc > 1:2136673/1‑140 (MQ=255) ttAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGGCCCCCaaa > 2:1998087/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACTTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACAGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa < 2:5170245/140‑1 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 1:4694680/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 1:2797390/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa > 1:3485272/1‑140 (MQ=255) tCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTa < 2:3479039/140‑1 (MQ=255) cGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTAt < 1:747965/140‑1 (MQ=255) gTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATACACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCAGCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATg < 2:2536179/140‑1 (MQ=255) gTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATg < 2:4230371/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa < 2:2193086/140‑1 (MQ=255) ttCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTAACTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTCTTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGa < 2:3927493/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:298676/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 2:4612849/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 2:3593372/140‑1 (MQ=255) tCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGAc < 1:1336901/140‑1 (MQ=255) ccACTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTCATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACt < 2:3167213/140‑1 (MQ=255) aTTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTc < 2:4556445/140‑1 (MQ=255) ttGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTcc > 2:3504884/1‑140 (MQ=255) cTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCtat < 2:4523330/140‑1 (MQ=255) tACCCCCTTTATAAACCTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCt < 1:4356567/140‑1 (MQ=255) cccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGat < 2:1748458/140‑1 (MQ=255) cccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGat < 2:3431027/140‑1 (MQ=255) ccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAATCC‑CC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCAACGTTACTGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGata < 2:2376636/140‑1 (MQ=255) ccTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGata < 2:4838182/140‑1 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 1:2450713/1‑140 (MQ=255) cTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGatat > 2:1663657/1‑140 (MQ=255) tagtgccGTCCTGCTTGTCTCTCTCGATTGGTGCACCTGTTGCAAT‑ACCC‑CCGTCCTGAATGGACTGTCTGCCACCGTTATTGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAGTTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATcca < 2:923155/134‑1 (MQ=255) ataAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATccac < 1:1904619/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTTACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 2:4015641/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:3861912/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:4559253/140‑1 (MQ=255) aCGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGa < 1:4936911/140‑1 (MQ=255) gTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGTTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTTATATCCACCAGAtt > 1:4059363/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 1:3155450/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:3667393/1‑140 (MQ=255) tCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATGGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTc > 2:1813100/1‑140 (MQ=255) cTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCaa > 2:4452620/1‑140 (MQ=255) aTTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATaa > 1:3985374/1‑140 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:4981886/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 1:1723299/140‑1 (MQ=255) gCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGAc < 2:2258332/140‑1 (MQ=255) ccACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACt > 2:1036571/1‑140 (MQ=255) cACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACtt < 2:2689480/140‑1 (MQ=255) tctcGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCa < 1:5189819/140‑1 (MQ=255) tctcGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCa > 1:2487599/1‑140 (MQ=255) tGTCGTCCCTGTGGAAAT‑A‑CCACCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATa < 1:875109/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 2:247469/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:1701374/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 1:1526979/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcc < 2:150051/140‑1 (MQ=255) tCGTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTCCCATTAGATAcc < 2:5284188/140‑1 (MQ=255) gTACCTGTGGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATAcccc < 1:1234183/140‑1 (MQ=255) tgtgGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCCCCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCAt < 1:5275616/140‑1 (MQ=255) tgtgGAAAT‑ACCC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCAt < 2:3335616/140‑1 (MQ=255) tgtgGAAAT‑ACCC‑CCGGCATGAATTGAGTGTCTACGACCGTTAAAGGTTGTATTATTAGCCTAGCTCACAAAATTGTTATGACTTCCGATATGGTGATATCCACCAGATGAAATAAGACATGCATTGGATACACCGCCAt > 2:84094/1‑140 (MQ=255) | GGCTACCACCATCAATGAGTATTCCATTCGCACTCCCTCCCTCTACGCGTGAAGCACCGCCCTTAATTGTCGTTCCATTGCTGATACCCCCTTTATAAACGTCCTGATTGCCACTCTCGATTGTCGTACCTGTGGAAAT‑A‑CC‑CCGTCATGAATTGACTGTCTGCCACCGTTAATGGTTGTATTATTAGCCTGCCCCACAAAATTGTTATGACTTCCTATATCTTGATATCCACCAGATTCAATAAGACTTCCATTAGATACCCCGCCATGAACA > NZ_CP025268/2786272‑2786545 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |