| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NZ_CP025268 | 3,309,690 | (C)5→6 | intergenic (‑81/+27) | nlpI ← / ← pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NZ_CP025268 | 3,309,685 | 1 | . | C | 90.6% | 1043.2 / 105.2 | 341 | intergenic (‑76/+32) | nlpI/pnp | lipoprotein NlpI/polyribonucleotide nucleotidyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (16/16); new base C (141/167); total (157/184) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 405 total aligned reads displayed.
ATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGC‑AAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309547‑3309817 | gcATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGC‑AAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑ccccccg > 2:1723449/2‑138 (MQ=255) cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGCAAAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑ccccccg > 1:4827162/1‑138 (MQ=255) cATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGC‑AAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑ccccccgc > 1:691365/1‑137 (MQ=255) aTCCTGCAAGCGTAAGTGCTGGCGCAACGAAACACCAGCGG‑AAAAAAGGGTTCATTTCGGACGCCCGAAGAGCACGGTTGAATGAACGGCCTGTTCCCGTTTGCTAACACGGCATCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑gcccgcgcc > 2:1171371/1‑135 (MQ=255) 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1:1723449/140‑1 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc < 1:976507/140‑1 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc > 1:5019339/1‑140 (MQ=255) cTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGAc < 1:1053868/140‑1 (MQ=255) cAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGAt < 1:3398422/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 2:3091720/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:5253433/140‑1 (MQ=255) aaGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa < 1:2777976/140‑1 (MQ=255) gCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCCGCCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAGCCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACgg < 2:753375/140‑1 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTGCTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc < 2:3500134/140‑1 (MQ=255) tCCTGCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGccc > 2:778224/1‑140 (MQ=255) gCCCGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCCGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATa > 2:2020952/1‑130 (MQ=255) cGGTTAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGAt < 1:2900279/140‑1 (MQ=255) ttAAAA‑GCCCCCCG‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCaa > 1:539648/1‑140 (MQ=255) | ATTACTACATCCTGCAAGCGTAAGTGCTGTCGCAACGAAACACCAGCGC‑AAAAAAGGCTTCATTTCCCACTCCCGAAGACCACGGTTGAATGAACGTCCTGTTCCCGGTTGCTAACAAGGCGTCCTGCCCGGTTAAAA‑G‑CCCCCA‑CCGCAGCGGAGGGCAAATGGCAACCTTACTCGCCCTGTTCAGCAGCCGGAGCTTCCGGTGCTGCAGCAGGTTGAGACTGCTCAGTCGCTTCTTTAATGCTCAGACGGATACGGCCCTGGCGATCAA > NZ_CP025268/3309547‑3309817 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |