| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NZ_CP025268 | = 1402056 | NA (NA) | 311 (1.000) | 93/276 | 0.3 | 98.1% | intergenic (+146/‑127) | CXP41_RS07410/ynaJ | IS5‑like element IS5 family transposase/DUF2534 family protein |
| ? | NZ_CP025268 | 1913625 = | 6 (0.020) | intergenic (‑46/‑113) | mgrB/yobH | PhoP/PhoQ regulator MgrB/YobH family protein | |||||
Only 100 of 311 total aligned reads displayed.
GGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP025268/1401918‑1402056‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCACAGTTAT > NZ_CP025268/1913625‑1913763 GGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAACTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCT < 2:461846/140‑1GGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTGACGTGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCCT < 1:4786686/140‑1 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CGCACCTTCCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCG < 2:1172517/140‑1 CGCACCTTCCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCG < 1:4220015/140‑1 CGCACCTTCCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCG < 1:3528835/140‑1 CACCTTCCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCA < 2:2812564/140‑1 CACCTTCCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCA < 2:4951713/140‑1 CACCTTCCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCA < 2:387313/140‑1 CACCTTCCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGAATCATCATTCGCA < 2:5279040/140‑1 ACCTTCCTGAGTTAAACAGCGCCCAACTAAGTCAAAATTCTTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGAGCACATAAAAAGAGAAGAAGTTGTAATGCGATTCATCATTGGCAa > 2:1894727/1‑139 CTTCCTTACCTAAACAGCGCCTAACTAAGGCGCTAGTCGCGCTCTGCCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAGGAGGGTGTAATGCGATTCATCCTTCGCACtg > 2:4964268/1‑138 TTCCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCACAGT < 1:3231255/140‑1 CCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCA < 2:1793415/134‑1 CCTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCA > 1:1793415/1‑134 CTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCACAGTTAT < 1:1859143/140‑1 CTTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAACGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCACAGTTAT > 1:2949262/1‑140 GGATAACGCCTTAAATGGCGAAGAAACGGTCTAAATAGGCTGATTCAAGGCATTTACGGGAGAAAAAATCGGCTCAAACATGAAGAAATGAAATGACTGAGTCAGCCGAGAAGAATTTCCCCGCTTATTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NZ_CP025268/1401918‑1402056‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TTAGTTAAACAGCGCCTAACTATGTCGATATTCGTGCTTTTTCGGAATGAGTCGCTTGCTTCAGCGCATATTGCCGCTACGATTAAGCGAACATAAAAAGAGAAGAGGTTGTAATGCGATTCATCATTCGCACAGTTAT > NZ_CP025268/1913625‑1913763 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |