New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NZ_CP025268 | = 3743324 | 0 (0.000) | 117 (0.380) | 51/274 | 2.2 | 100% | intergenic (‑100/‑82) | yiaJ/galK | IclR family transcriptional regulator YiaJ/galactokinase |
? | NZ_CP025268 | 3744556 = | 0 (0.000) | intergenic (+2/‑99) | galK/yiaK | galactokinase/3‑dehydro‑L‑gulonate 2‑dehydrogenase |
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
TTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑C‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAAACACAATCTCTGTTTGCCAACGCATTTGGCTACCCTGCC > NZ_CP025268/3743193‑3743462 | ttCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgc > 1:3153279‑M1/1‑133 (MQ=255) ttCTCTTTTTTTCCCATAACTTCTTTCCCCATTTTGTCACGACCTGATAGTAAAGCAAAGTGTGCCGTAGTACACGATCTCAACAGATAATTTATAA‑CAAATTGCTTTTTAGGTCTTTTGAAATTCATCAATcagattgc > 2:3877444/1‑133 (MQ=255) ttCTC‑TTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:2159660‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:4623346‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:2455713‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:2780701‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:3502756‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:4035346‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:3608950‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:758708‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTACTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:4926487‑M1/140‑9 (MQ=255) tctcTTTTTTTCCCATCACTGCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTCTAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 2:3504064‑M1/140‑9 (MQ=255) cctcttTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgcc < 1:2135311‑M1/139‑9 (MQ=255) tttttttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCGCGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgt > 1:3356912‑M1/1‑128 (MQ=255) tttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaa < 2:1348575‑M1/140‑17 (MQ=255) tttCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaa < 2:524106‑M1/140‑17 (MQ=255) tCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaa < 2:2556966‑M1/140‑19 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga > 2:1791851‑M1/1‑118 (MQ=255) aTCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtga > 2:3989450‑M1/1‑118 (MQ=255) tcccttctttccCCATTCTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:4425620‑M1/137‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:1989418‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:4634677‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:4623904‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:426781‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:4118425‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 1:229740‑M1/140‑24 (MQ=255) tCACTTCTTTCCACATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgat < 2:4327834‑M1/140‑24 (MQ=255) ttcttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgat < 2:425715‑M1/140‑28 (MQ=255) cttTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatat > 2:1844489‑M1/1‑111 (MQ=255) tCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACTATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatt > 2:4139494‑M1/1‑108 (MQ=255) cccATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttg > 1:858764‑M1/1‑106 (MQ=255) cccATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttg > 1:858462‑M1/1‑106 (MQ=255) tttGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatc > 2:1956778‑M1/1‑101 (MQ=255) tttGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatc < 1:4293983‑M1/140‑40 (MQ=255) tCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgc > 1:3612241‑M1/1‑92 (MQ=255) tAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAACC‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaa 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1:3357333‑M1/140‑128 (MQ=255) aaaTTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaag < 2:2337799‑M1/140‑128 (MQ=255) aaaTTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaag < 2:503673‑M1/140‑128 (MQ=255) aaaTTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaag < 2:503734‑M1/140‑128 (MQ=255) aaaTTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaag < 1:140724‑M1/140‑128 (MQ=255) aaaTTCATCAATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaag < 1:1296302‑M1/140‑128 (MQ=255) 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2:3066827‑M1/1‑8 (MQ=255) catcaATCagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcc > 2:738947‑M1/1‑8 (MQ=255) catcaATCagattgccttggtaaaaagtgatcgatgtatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaattgacatttgagcagttaaaagcagcc > 2:302027‑M1/1‑8 (MQ=255) catcaATCagattgccttggtaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcc > 2:301991‑M1/1‑8 (MQ=255) atcaatcagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcct < 2:761917‑M1/140‑134 (MQ=255) tcagattgccttgttaaaaagtgatcgatatatttgaaatcaagtttcgcatattgaaattttaagccaaaaaagcgatcaaaaaaacaaggaagcctgggatgaaagtgacatttgagcagttaaaagcagcctttaat < 1:2818886‑M1/140‑139 (MQ=255) | TTCTCTTTTTTTCCCATCACTTCTTTCCCCATTTTGTCGCGTCCTGATGGTAGCGCAAAGTGTGCCGTAGTTCACGATCTCGACAGATAATTTATAA‑C‑AATTGATTTTTATGTCTTTTGAAATTCATCAATCCTGTTGACAATTAATCATCGGCATAGTATATCGGCATAGTATAATACGACAAGGTGAGGAACTAAACCCAGGAGGCAGATCATGAGTCTGAAAGAAAAAACACAATCTCTGTTTGCCAACGCATTTGGCTACCCTGCC > NZ_CP025268/3743193‑3743462 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |