Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NZ_CP025268 | 1,292,982 | 0 | A | G | 54.8% | ‑5.5 / inf | 274 | noncoding (55/132 nt) | CXP41_RS06835 | RtT sRNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (44/79); new base G (88/61); total (134/140) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.54e-04 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 274 total aligned reads displayed.
GCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCG > NZ_CP025268/1292846‑1293114 | gcttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGc > 1:2790310/4‑140 (MQ=255) cttGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCt < 1:335134/138‑1 (MQ=255) ttGGCCAGAATAATTGATTGCGGAAGCGTGTGAGCCTTCTGCGGCGTGTGAAAGTGCTGATGGCGGGGGAAGGATTCGACCGCGCGGCGATCGGCG‑CCTTCGGCGTGGTTGCCTGCGGCAACGCTCCCCCGCTGCCGCTc > 2:2479968/2‑140 (MQ=255) ggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAg > 1:259272/1‑140 (MQ=255) gCAGAATGTTGGATTGGGGATTCGTTTGAGGATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGc < 2:1504406/140‑1 (MQ=14) aaGAATAGCTGATTGCGGATGAGTTAGAGAATTTCGGGACTTAGGAGAGCGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGGCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCGCGAGcc < 2:4561188/139‑1 (MQ=14) aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 1:719386/140‑1 (MQ=255) aGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCg < 1:692687/140‑1 (MQ=255) aaTATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGaa > 1:4282204/1‑140 (MQ=255) atatTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAc < 1:1652395/140‑1 (MQ=255) tatTTGATTGGGGATTGGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAACGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAcc < 1:4236644/140‑1 (MQ=255) tatTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAcc < 1:700149/140‑1 (MQ=255) ttGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTa > 1:4865775/1‑140 (MQ=255) tGCGGTTTGGTTTGGGGATTCGGGGGCTTTTGGAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 2:4738611/140‑1 (MQ=11) tGCGGCTTCGTTGGAGACTTCGGGGGCTTTTGCAAGTGAGGGGGGGGGGGGGAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCGTCGCCCTGCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 2:4093802/140‑1 (MQ=11) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa > 2:4947352/1‑140 (MQ=255) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa > 1:1328551/1‑140 (MQ=255) tGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 1:2657054/140‑1 (MQ=255) tGCGGATGCGGGTGAGAATTCCGGGGCTTTGGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACGCAGCGCTGCGCGCGTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGa < 2:860755/140‑1 (MQ=14) gggATTCGTTTGAGGATTCCGGGGCTTTTGGAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAg < 2:242744/139‑1 (MQ=14) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTGAG‑GTCGCTGCCGGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAg > 2:1005324/1‑140 (MQ=14) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAg > 2:4247321/1‑140 (MQ=255) cGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAg < 2:3200624/140‑1 (MQ=255) tcgtttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTtct < 2:3852422/136‑1 (MQ=255) tCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAGCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCg > 1:3797635/1‑140 (MQ=255) ccGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:2837355/140‑1 (MQ=37) ccGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:1485559/140‑1 (MQ=37) ccGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:4715409/140‑1 (MQ=37) cGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGTCGAACCTTAGTGGAAGCTTCTCATGCTTCCCCGcc > 2:2090283/1‑139 (MQ=255) ggggCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAt < 1:4138341/140‑1 (MQ=25) ggggCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAt < 1:4625764/140‑1 (MQ=25) ggtttaGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:720041/138‑1 (MQ=12) gCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:1129371/140‑1 (MQ=18) gCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:3223803/140‑1 (MQ=18) gCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 2:3603950/140‑1 (MQ=18) gCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:5150929/140‑1 (MQ=18) gCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:5118221/140‑1 (MQ=18) ttttGAAAGTGATGGTAGTGGGGGAAGGATTACTCACCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑TTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCa < 1:2978122/140‑1 (MQ=255) aaGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAatat < 1:176742/140‑1 (MQ=18) aTGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCATCCTTCCCCGCATGGTCAGAATATTTAAt > 2:1979395/1‑140 (MQ=255) gtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg > 1:1605101/1‑121 (MQ=17) ggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGTCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATGTTTAATTGCGGATTc > 2:763641/1‑140 (MQ=255) ggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCGGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGTCAGAATATTTTTTTGCGGAGTc > 2:2648831/1‑140 (MQ=11) ggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATGGCGGATTCGt > 2:4987525/1‑140 (MQ=11) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCTTGCGGCAACGCTCTCTCGCTCGCGCTCGAGTCCAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTgg > 2:2920088/1‑140 (MQ=11) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTgg > 1:2508837/1‑140 (MQ=11) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAACCTTCTCATCCTTCCCCGCCTGGGCCGAATAATTAATAGCGCATTCGTTgg > 1:1077427/1‑140 (MQ=11) aGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGaa < 1:2258334/89‑1 (MQ=25) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 2:99663/140‑1 (MQ=11) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:3041391/140‑1 (MQ=11) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:4967943/140‑1 (MQ=11) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:3576708/140‑1 (MQ=11) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 1:3874033/140‑1 (MQ=11) tACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGt > 1:5041945/1‑140 (MQ=11) tACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGt > 2:5086039/1‑140 (MQ=11) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGtt > 1:3473920/1‑140 (MQ=11) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGtt > 2:2286556/1‑140 (MQ=11) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAggg < 1:1025193/140‑1 (MQ=14) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAggg < 2:605641/140‑1 (MQ=14) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTTGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCTGCATGGGCAGAATATTTAATAGCGGATTCGGTGGGAGGTTCAGGGa > 2:903166/1‑140 (MQ=11) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGa > 1:551859/1‑140 (MQ=14) cgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGa > 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cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGCGTCGCACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCATAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt > 2:3283862/1‑140 (MQ=14) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCCGGGACtttt > 2:551873/1‑140 (MQ=14) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAggg < 2:693102/134‑1 (MQ=14) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt > 2:1920470/1‑140 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt > 2:1973611/1‑140 (MQ=14) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt > 2:1424460/1‑140 (MQ=14) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt > 2:2186435/1‑140 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt > 1:5227461/1‑140 (MQ=14) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGCCGAACCTTGTTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGTATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt > 2:1411191/1‑140 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACtttt > 2:234227/1‑140 (MQ=11) cgcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAAcc < 2:3964793/63‑1 (MQ=37) gcgcTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTg > 2:943421/1‑140 (MQ=14) cGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTg < 1:3663099/140‑1 (MQ=14) gCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGA < 1:1381144‑M1/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGA < 1:2345382‑M1/140‑1 (MQ=255) gCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGA > 1:2185868‑M1/1‑140 (MQ=255) tCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTG > 2:3440676‑M1/1‑140 (MQ=255) tCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTggg > 2:757416/1‑83 (MQ=255) tCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATggg < 1:757921/83‑1 (MQ=25) gcgTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTTGTCGATGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG > 2:2969919‑M1/2‑140 (MQ=255) cGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGG > 1:3140829‑M1/1‑140 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATAGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGCGAAGATCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG > 2:2664788‑M1/1‑140 (MQ=255) ttGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGA < 1:4419620‑M1/140‑1 (MQ=255) tGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAA < 2:1316614‑M1/140‑1 (MQ=255) ggCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcg < 1:1961914‑M1/140‑3 (MQ=255) ggCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcg < 1:5010315‑M1/140‑3 (MQ=255) ggCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcg < 1:4055249‑M1/140‑3 (MQ=255) gCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcga > 1:465274‑M1/1‑137 (MQ=255) cAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaa > 1:456426‑M1/1‑136 (MQ=255) cGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTagaacct > 2:5178577‑M1/1‑133 (MQ=255) tctctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcg < 2:430829‑M1/140‑11 (MQ=255) tctctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcg < 2:5123908‑M1/140‑11 (MQ=255) ctcGCTGGCGCTCGAGTCGAACCGTGGTCGAAGCTTCTCAGCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTcgaaccttcgaag < 2:3965689‑M1/140‑14 (MQ=255) | GCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGG‑GTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAATCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCG > NZ_CP025268/1292846‑1293114 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |